Linux下，meld就够了，命令行用用diff也行，kdiff3也不错。
参考 http://www.cnblogs.com/itech/archive/2009/08/13/1545344.html，介绍了一些免费的比较工具。根据我的试用情况，总结如下。
beyond compare是收费的，而且官方根据网络反盗版。用了几天后就不能用了。
1. 对于简单的用法，tortoisesvn或者tortoisegit带的tortoisemerge比较合并工具就够用了。一般用不着安装。
2. winmerge做比较的时候，字体挺难看。
3. source insight自己带了一个比较工具，也是够用了。
文章开头的链接里面的总结，拷贝过来：
比较下来：diffmerge和P4merge最好用，kdiff比较专业些，支持自动merge。