1、首先确认服务器出于安全的状态，也就是没有人能够任意地连接MySQL数据库。 因为在重新设置MySQL的root密码的期间，MySQL数据库完全出于没有密码保护的 状态下，其他的用户也可以任意地登录和修改MySQL的信息。可以采用将MySQL对外的端口封闭，并且停止Apache以及所有的用户进程的方法实现服务器的准安全状态。最安全的状态是到服务器的Console上面操作，并且拔掉网线。
2、修改MySQL的登录设置；
vim /etc/my.cnf
在[mysqld]的段中加上一句：skip-grant-tables 保存并且退出vim。
3．重新启动mysqld；
service mysqld restart # 或 /etc/init.d/mysqld restart
4、登录并修改MySQL的root密码；
1.mysql>; USE mysql ;
2.mysql>; UPDATE user SET Password = password ('new-password') WHERE User = 'root' ;
3.mysql>; flush privileges ;
4.mysql>; quit
5、将MySQL的登录设置修改回来；
vim /etc/my.cnf
将刚才在[mysqld]的段中加上的skip-grant-tables删除；
保存并且退出vim。
6、重新启动mysqld；
service mysqld restart # 或 /etc/init.d/mysqld restart
7、恢复服务器的正常工作状态；
将步骤一中的操作逆向操作。恢复服务器的工作状态。
来自：http://www.cnblogs.com/liangml/p/5972414.html