dll文件可以放在gac或者网站的bin下面，但放在gac里面的时候ascx文件的inherits要把dll的assembly信息写进去,而且要把类名写完整:
<%@ Control Language="C#" Inherits="DemeterSoft.KipForMoss.SearchWebpart.HQIssueDocSearchControl,DemeterSoft.KipForMoss.SearchWebparts, Version=1.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=7e86fbd377a21f6e" %>
另外，想不手动拖dll及其他一些资源文件可以用add and delploy solution的方式来做，用建webpart项目的方式可以很容易实现这个，也可以用stsdev工具来生成相应的文件然后自己写个批处理文件