tomcat的bin目录下有setclasspath.bat（linux下为setclasspath.sh），在此脚本下设置环境变量JAVA_HOME就可以启动tomcat了。
Windows：
set JAVA_HOME=jdk的目录
linux:
export JAVA_HOME=jdk的目录
然后还可以自定义tomcat运行窗口的标题，最好是在startup.bat脚本中定义一下TITLE环境变量即可：
set TITLE=tomcat instance name #WINDOWS SERVER 2003 不支持定义为中文