有点偷懒，在一个使用了jni工程里面稍微修改一下，编译另外一个jni工程。
代码写完后，Android.mk等文件也写好，但是ndk-build的时候提示Android NDK:Your APP_BUILD_SCRIPT points to an unknown file: xxx
唯一的区别就是jni文件夹路径改变了。
命令ndk-build NDK_LOG=1可以查看到错误的路径信息，编译的时候可以用这句查看一下错误的提示。
搜索了一下才了解，ndk-build要查找的文件夹是 从jni目录开始，逐层向上寻找的，如果找到了AndroidManifest.xml文件，它就会开始进行解析，如果这个文件跟你的工程是不相关的，那么就有可能出现这样的错误。
我的解决方法是：重新在android/workplace/ 下重新建立一个文件夹，把jni工程拷贝过来。再次ndk-build通过。