第一局(机要局)主管密码通讯及相关管理
第二局(国际情报局)主管国际战略情报搜集
第三局(政经情报局)主管各国政经科技情报搜集
第四局(台港澳局)主管该地区情报工作
第五局(情报分析通报局)主管情报分析通报、搜集情报指导
第六局(业务指导局)主管对所辖各省级厅局的业务指导
第七局(反间谍情报局)主管反间谍情报搜集
第八局(反间谍侦察局)主管外国间谍的跟监、侦查、逮捕等
第九局(对内保防侦察局)主管涉外单位防谍，监控境内反动组织及外国机构
第十局(对外保防侦察局)主管驻外机构人员及留学生监控，侦查境外反动组织活动
第十一局(情报资料中心局)主管文书情报资料的搜集和管理
第十二局(社会调查局)主管民意调查及一般性社会调查
第十三局(技侦科技局)主管侦技科技器材的管理、研发
第十四局(技术侦察局)主管邮件检查与电信侦控
第十五局(综合情报分析局)主管综合情报的分析、研判
第十六局(影像情报局)主管各国政、经、军等影像情报，包括卫星情报判读
第十七局(企业局)主管该部所属企业、公司等事业单位