MetaPhlAn 2：宏基因组进化分析

描述

MetaPhlAn是分析从物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落（细菌，古细菌，真核细胞和病毒）的组成的计算工具。从版本2.0，MetaPhlAn还能够确定具体的菌株（在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下），并跟踪跨越样品菌株的所有物种。

MetaPhlAn 2依靠〜1M唯一的特定分支，标记基因（标记信息文件可以在SRC / utils的/ markers_info.txt.bz2或在这里找到）从〜17000的参考基因组鉴定（〜13500细菌和古细菌，3500〜病毒，和〜110真核），使得：

明确的分类任务;
有机体相对丰度的准确估计;
对于细菌，古细菌，真核生物和病毒种级别分辨率;
菌种鉴定和跟踪
幅度的加速比的订单相比现有的方法。
宏基因组应变水平的人口基因组学

先决条件

MetaPhlAn需要Python 2.7版或更高argparse，临时文件和numpy的安装库（除了为numpy的，他们通常与蟒蛇分布一起安装）。现在还支持Python3。

如果提供的SAM输出BowTie2作为输入，没有额外的前提条件。

如果您想使用BowTie2集成在MetaPhlAn，你需要有BowTie2版本2.0.0或更高版本和Perl安装（bowtie2需要在与执行系统路径和读权限）
如果使用“utils的/ metaphlan_hclust_heatmap.py”的剧本绘制和聚类多MetaPhlAn异形样本，还需要以下Python库：matplotlib，SciPy的，pylab（如果不与MatPlotLib一起安装）。
如果要产生输出为“BIOM”文件，你还需要BIOM安装
MetaPhlAn不紧密地与先进的热图密谋整合hclust2和进化树可视化GraPhlAn。如果使用这样的可视化工具，请参考他们的先决条件。

安装： clone https://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2

基本用法：

========== MetaPhlAn 2 分支- 丰估计 =================

==========  MetaPhlAn  2  株 跟踪 ============================

 INPUT_FILE             的 输入 文件 可以 是：
                        *  一个 FASTQ  文件 包含 宏基因组 读取
                        或
                        *  一个 BowTie2  产生的 SAM  文件。 
                        OR 
                        *  一个 中介 映射 文件 中 的 宏基因组 产生 由 一个 先前 MetaPhlAn  运行 
                        如果 该 输入 文件 的 丢失， 该 脚本 假定 是 在 输入 时 提供 使用 的 标准 
                        输入， 或 命名 管道。
                        重要提示： 该 类型 的 输入 需要 到 被 指定 与 - INPUT_TYPE 
  OUTPUT_FILE            的 选项卡- 分隔 输出 文件 中 的 预测 分类群 的相对 丰度 
                        [ stdout中 ，如果 不 存在]

必需的 参数：
  - mpa_pkl  MPA_PKL      的 元数据 腌制 MetaPhlAn  文件
  - INPUT_TYPE  { FASTQ ，FASTA ，multifasta ，multifastq ，bowtie2out ，SAM } 
                        设置 是否 该 输入 是 在 multifasta  文件 的 宏基因组 读取 或 
                        将 SAM  文件 中 的 映射 中 的 读取 反对 在 MetaPhlAn  分贝。
                        [ 默认的 “ 自动” ， 我。Ë 。 该 脚本 将 尝试 以 猜测 的 输入 格式]