对绝大部分应用系统而言，数据库是必不可少的一部分。Java程序可以使用JDBC的方式连接数据库。对数据库的调优可以分为3个部分：
在应用层对SQL语句进行优化；
对数据库进行优化；
对数据库软件进行优化。
在应用层优化数据库访问，设计大量的编程技巧。比如，当使用JDBC进行查询时，对于大量的拥有相同结构的SQL查询，可以使用PreparedStatement代替Statement，以提高数据库的查询效率；在Select语句中，显示指定要查询的列名，避免使用星号“*”。
在对数据库进行优化时，主要目的是建立一个具有良好表结构的数据库。比如，为了提高多表级联查询效率，可以合理的使用冗余字段；对于大表，可以使用行的水平切割或者类似oracle分区表的技术；为了提高数据库查询效率，可以建立有效且合理的索引。
对于数据库软件的优化，根据不同的数据库，如oracle、mysql或者SQL Server都拥有不同的方式。以oracle为例，设置合理大小的共享池、缓存缓冲区或者PGA，对oracle的运行性能都有很大的影响。