一般当ArcGIS Server Site发生错误、ArcGIS Server无法启动或者ArcGIS Server某服务没有实例，就可能需要重新的创建Site。有时可以通过重新创建Site，就发现其能GIS功能容器ArcGIS Server的问题。
以下以单机部署ArcGIS Server为例，多机部署ArcGIS Server情况类似。
1、删除已经存在的Site
进入http://localhost:6080/arcgis/admin/ 选择ArcGIS Server提供的deleteSite删除site的功能；
停止此site关联的ArcGIS Server的服务；
删除创建site时创建configuration store的目录下所有文件，默认在：%ArcGIS Server%usrconfig-store；
删除伴随创建site时创建 Server Directory所有文件。如：C:arcgisserver；
2、创建Site
启动site下所有GIS Servers的ArcGIS Server服务；
进入http://localhost:6080/arcgis/manager/进行site创建，如下图所示:
选择New Site；
输入site的用户名和密码；
制定Root Server Directory和 Configuration Store的文件路径，注意如果是多机器部署的话，需要这两个网络文件路径所有的GIS Servers都能够共享到。
初次创建Site的界面，如下所示：
3、相关问题描述：
3.1、创建site不成功，如下图所示：
One or more server machines could not be started, 说明找不到ArcGIS Server的machines。
1：注意机器名。
必须严格按照Java语言中的变量命名规则，如：字母、数字、下划线等，不能出现特殊字符，如：”-”(中划线)等；
2: 注意IP的变更。
使用固定IP地址，防止DHCP方式获取的地址。
3.2、删除了Site，但是http://localhost:6080/arcgis/manager/ 还是可以浏览到不完整的Site页面。
解决的方法分三种，可以根据实际情况分别尝试下：
a、清理下浏览器缓存，重启浏览器；
b、使用arcgis/admin中的deleteSite再清理下留下的痕迹；
c、重启机器，以重启ArcGIS Server服务。
3.3、其他错误
在操作site时，不要对arcgis/manager/或者arcgis/admin/进行相关的操作，以防止影响Site操作的正常执行流程，而导致错误。