Master Page中的css引用是相对于Master Page页面，而javascript的引用相对于引用了Master Page的Content Page，所以在Master Page中CSS的引用可以写成
<link rel="Stylesheet" type="text/css" media="screen" charset="utf-8" href="../css/site.css">而javascript的相用最好要写成
<script type="text/javascript" charset="utf-8" src="<%=Request.ApplicationPath%>/Scripts/jquery.js"></script>转自关于Master Page的css和js文件引用问题