weka数据挖掘拾遗（一）---- 生成Arff格式文件

一、什么是arff格式文件

　　1、arff是Attribute-Relation File Format缩写，从英文字面也能大概看出什么意思。它是weka数据挖掘开源程序使用的一种文件模式。由于weka是个很出色的数据挖掘开源项目，所以使用的比较广，这也无形中推广了它的数据存储格式。

　　2、下面是weka自带的一个arff文件例子（weather.arff）

@relation weather

@attribute outlook {sunny, overcast, rainy}
@attribute temperature real
@attribute humidity real
@attribute windy {TRUE, FALSE}
@attribute play {yes, no}

@data
sunny,85,85,FALSE,no
sunny,80,90,TRUE,no
overcast,83,86,FALSE,yes
rainy,70,96,FALSE,yes
rainy,68,80,FALSE,yes
rainy,65,70,TRUE,no
overcast,64,65,TRUE,yes
sunny,72,95,FALSE,no
sunny,69,70,FALSE,yes
rainy,75,80,FALSE,yes
sunny,75,70,TRUE,yes
overcast,72,90,TRUE,yes
overcast,81,75,FALSE,yes
rainy,71,91,TRUE,no

 　　a) 第1行，是关系名称，这个自己随便起，不过写的最好要有意义。

　　 b) 第3~7行是特征列表，其中第1列是特征说明，不可缺少，第2列是特征名称，第3列是特征类型或特征取值范围。

　　 c) @data(第9行)是数据域说明，在它下面的全是数据。其中每一行体表一条数据。

　　 d) 例子中给出的数据域是最基本的表示方法，实际应用中，一般都是用稀疏表示法。

　　 e) 此处对于arff文件格式不做进一步解释，不懂的地方可以给我留言。 

二、总体思路

　　1、生成特征文件

　　2、文件格式转换

三、具体实现

　　1、特征的生成

　　　　这里假设我们已经生成了特征。（因为特征选择我会另写一篇文章单独介绍）

　　2、arff文件生成

　　　　a) 生成文件的接口

package com.lvxinjian.alg.models.generatefile;

/**
 * @Descriptin : 生成指定格式文件的接口
 * @author ：Lv Xinjian
 *
 */
public interface GenerateFile {
    /**
     * @function 生成文件
     * @param obj 输入数据
     * @param option 参数
     * @return 是否生成成功
     */
    abstract public boolean GenerFile(Object obj , String option);
}

 　　　  b) 生成arff的主文件

package com.lvxinjian.alg.models.generatefile;

import java.io.IOException;
import java.nio.charset.Charset;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashSet;
import java.util.concurrent.ExecutorService;
import java.util.concurrent.Executors;
import java.util.concurrent.Future;

import weka.core.FastVector;
import weka.core.Instance;
import weka.core.Instances;

import com.iminer.alg.models.sampling.SVMSampleBean;
import com.iminer.alg.models.sampling.SampleBean;
import com.iminer.alg.models.sampling.SampleUtils;
import com.iminer.tool.common.util.FileTool;

/**
 * @Description : 生成arff格式的文件
 * @author ： Lv Xinjian
 *
 */
public class GenerateArffFile implements GenerateFile {
    
    /**
     * 保存arff文件
     */
    private static Instances data = null;
    /**
     * 分类标签
     */
    private ClassifyAttribute classifyAttribute = new ClassifyAttribute();
    /**
     * Instance name
     */
    public final String InstanceName = "MyRelation";
    /**
     * 抽取instance的方法 ，默认为方法一
     */
    private String getInstancesMothed = "one";
    /**
     * 保存转换后的SVM数据
     */
    private ArrayList<SVMSampleBean> listSVMBean = new ArrayList<SVMSampleBean>();
    /**
     * 生成arff文件时使用的词表路径
     */
    private String lexPath = null;
    /**
     * 保存arff文件的路径
     */
    private String outputPath = null;
    /**
     * 生成arff文件的主函数
     */
    private int threadNum = 5;
    @Override
    public boolean GenerFile(Object obj, String option) {    
        String  [] paramArray = option.split(" ");
        return GenerFile(obj,paramArray);
    }
    /**
     * 生成arff文件的主函数
     */
    public boolean GenerFile(Object obj, String [] paramArray) {    
        try {            
            if(!Initialization(obj , paramArray))
                return false;
            GenerateData();
        } catch (IOException e) {            
            e.printStackTrace();
            return false;
        }
        return true;
    }
    /**
     * @function 解析命令行，初始化参数
     * @param obj 传入的数据
     * @param paramArrayOfString 命令行
     * @return 初始化是否生成成功，true：成功    false：失败
     */
    private boolean Initialization(Object obj, String [] paramArrayOfString){            
        try{
            ArrayList<?> list = (ArrayList<?>)obj;
            for(Object s : list){                
                listSVMBean.add((SVMSampleBean)s);
            }    
            //初始化词表路径
            String lexPath = ParameterUtils.getOption("lexPath", paramArrayOfString);
            if(lexPath.length() != 0)
                this.lexPath = lexPath;
            //初始化arff文件保存路径
            String outputPath = ParameterUtils.getOption("output", paramArrayOfString);
            if(outputPath.length() != 0)
                this.outputPath = outputPath;        
            //初始化instance抽取方法，默认为方法一
            String getInstanceMothed = ParameterUtils.getOption("mothed", paramArrayOfString);
            if(getInstanceMothed.length() != 0)
                this.getInstancesMothed = getInstanceMothed;
            String threadNum = ParameterUtils.getOption("thread", paramArrayOfString);
            if(threadNum.length() != 0){
                this.threadNum = Integer.parseInt(threadNum);
                System.out.println("线程数 ：" + this.threadNum);
            }else{
                System.out.println("使用默认线程数：5");
            }
            //初始化类别名称，不可省略
            String className = ParameterUtils.getOption("class", paramArrayOfString);
            if(className.length() != 0)
                classifyAttribute.setClassname(className);
            //初始化类别标签
            String labels = ParameterUtils.getOption("label", paramArrayOfString);
            if(labels.length() != 0){                
                classifyAttribute.setClassLabel(labels.split(","));                    
            }
            else{
                System.out.println("please Initialize classify labels!");
                return false;
            }            
        }
        catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
        }
        
        return true;
    }
    /**
     * @function 生成arff的主函数
     * @throws IOException
     */
    public void GenerateData() throws IOException {        
        ArrayList<String> words = new ArrayList<String>();
        FastVector atts = ArffFileUtils.GetAttributes(this.lexPath , words ,this.classifyAttribute );
        
        data = new Instances(this.InstanceName, atts, 0);    

        ExecutorService service = Executors.newFixedThreadPool(this.threadNum);    
        int count = 0;
        for (SVMSampleBean it : listSVMBean) {
            if (count++ % 1000 == 0)
                System.out.println("processed " + count + " recoreds");    
            
            //获取类别标签的下标
            double labelVal = data.attribute(classifyAttribute.getClassname()).indexOfValue(it.getLabel());
            
            MyCallableClass task = new MyCallableClass(labelVal, it.getContent(), words ,this.getInstancesMothed);
            Future is =  service.submit(task);
            try{
                if(is.get() != null)            
                    data.add((Instance) is.get());
            }catch(Exception e){
                e.printStackTrace();
            }                    
        }
        service.shutdown();
        //保存data中的数据    
        ArffFileUtils.savaInstances(data,this.outputPath);
        //清空data中的数据
        data.delete();
    }
    /**
     * @function 
     * @param lstContent
     * @param lexPath
     * @param labels
     * @param outputPath
     * @return
     */
    public static boolean generateArff(ArrayList<String> lstContent ,String lexPath , String labels, String outputPath){
        try{
            ArrayList<SampleBean> list = new ArrayList<SampleBean>();    
            HashSet<String> lstLabel = new HashSet<String>();
            for(String str : lstContent){
                SVMSampleBean svmBean = new SVMSampleBean(str.replace("	", SampleUtils.SPECIAL_CHAR));
                list.add(svmBean);
                lstLabel.add(svmBean.label);
            }
            if(labels == null){
                labels = "";
                for(String label : lstLabel){
                    if(labels != "")
                        labels += ",";
                    labels += label;
                }
            }
            String [] options = new String[]{"-lexPath" , lexPath,
                                            "-output" , outputPath,
                                            "-mothed" , "one",
                                            "-class" , "CLASS",
                                            "-label" , labels};
            GenerateArffFile genArff =new GenerateArffFile();
            genArff.GenerFile(list, options);
            return true;
        }catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
            return false;
        }
        
    }
    public static void main(String [] args){
        try{
        String root = "C:\Users\Administrator\Desktop\12_05\模型训练\1219\";
        ArrayList<SampleBean> list = new ArrayList<SampleBean>();            
        ArrayList<String> lstContent = FileTool.LoadListFromFile(root + "不重合的部分.23.txt", 0 , Charset.forName("utf8"));
        for(String str : lstContent){
            
            SVMSampleBean svmBean = new SVMSampleBean(str.replace("	", SampleUtils.SPECIAL_CHAR));
            list.add(svmBean);
        }
//        DFFeatureSelector selector = new DFFeatureSelector();
//        String options = "-maxFeatureNum 1000 -outputPath "+root + "lex.txt";
//        selector.selectFeature(list, options);
        
//        options = "-lexPath "+root +"lex.txt -output genArffTest.arff -mothed one -class CLASS -label -1,1,2";
        
        
        String [] options = new String[]{"-lexPath" , root + "temp/temp.lex",
                                        "-output" , root + "不重合的部分.23.arff",
                                        "-mothed" , "one",
                                        "-class" , "CLASS",
                                        "-label" , "2,1,-1",
                                        "-thread","10"};
        GenerateArffFile genArff =new GenerateArffFile();
        genArff.GenerFile(list, options);
        CalcAttributeFromArffFile.calcAttribute(root + "不重合的部分.23.arff" , root + "calc.txt");
        }catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
        }
    
    }
}

　　　　c) 命令行解析工具

package com.lvxinjian.alg.models.generatefile;

/**
 * @Description : 抽取参数
 * @author : Lv Xinjian
 */
public class ParameterUtils {

    static public void main(String [] args){
        String option = "-min 1 -max 100 -w 1.2,1.3  -filter  g";
        try {
            boolean r = getFlag("filter", option.split(" "));
            System.out.println(r);
            
        } catch (Exception e) {            
            e.printStackTrace();
        }
    }    
    /**
     * @function 抽取字符类的布尔型参数
     * @param flag 字符
     * @param options 参数数组
     * @return 
     * @throws Exception
     */
    public static boolean getFlag(char flag, String[] options) throws Exception
    {
      return getFlag("" + flag, options);
    }
    /**
     * @function 抽取字符串类的布尔型参数
     * @param flag 字符
     * @param options 参数数组
     * @return 
     * @throws Exception
     */         
    public static boolean getFlag(String flag, String[] options) throws Exception
    {
      int pos = getOptionPos(flag, options);
    
      if (pos > -1) {
        options[pos] = "";
      }
      return (pos > -1);
    }
    /**
     * @function 抽取字符串类的字符串型参数
     * @param flag 字符串
     * @param options 参数数组
     * @return 
     * @throws Exception
     */
    public static String getOption(String flag, String[] options)throws Exception {
        int i = getOptionPos(flag, options);
        if (i > -1) {
            if (options[i].equals("-" + flag)) {
                if (i + 1 == options.length) {
                    throw new Exception("No value given for -" + flag
                            + " option.");
                }
                options[i] = "";
                String newString = new String(options[(i + 1)]);
                options[(i + 1)] = "";
                return newString;
            }
            if (options[i].charAt(1) == '-') {
                return "";
            }
        }

        return "";
    }
    /**
     * @function 抽取字符类的短整型参数
     * @param flag 字符
     * @param options 参数数组
     * @return 
     * @throws Exception
     */
    public static int getOptionPos(char flag, String[] options)
    {
      return getOptionPos("" + flag, options);
    }
    /**
     * @function 抽取字符串类的短整型参数
     * @param flag 字符
     * @param options 参数数组
     * @return 
     * @throws Exception
     */
    public static int getOptionPos(String flag, String[] options) {
        if (options == null) {
            return -1;
        }
        for (int i = 0; i < options.length; ++i) {
            if ((options[i].length() <= 0) || (options[i].charAt(0) != '-'))
                continue;
            try {
                Double.valueOf(options[i]);
            } catch (NumberFormatException e) {
                if (options[i].equals("-" + flag)) {
                    return i;
                }
                if (options[i].charAt(1) == '-') {
                    return -1;
                }
            }
        }

        return -1;
    }
    /**
     * @function 把数据转换成字符串
     * @param array
     * @param splitPunc
     * @return
     */
    public static String array2String(String [] array , String splitPunc){
        try{
            StringBuilder sb = new StringBuilder();
            for(String para : array){
                if(sb.length() != 0)
                    sb.append(splitPunc);
                sb.append(para);
            }
            return sb.toString();
        }catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
            return null;
        }
    }
    public static String [] String2Array(String para , String splitPunc){
        try{
            return para.split(splitPunc);
        }catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
            return null;
        }
    }
    /**
     * @替换字符串中的某个参数
     * @param para 参数字符串
     * @param splitPunc 参数分隔符
     * @param key 参数名称
     * @param value 新参数值
     * @return
     */
    public static String replacePara(String para , String splitPunc , String key , String value){
        try{
            String [] parameter = String2Array(para,splitPunc);
            replacePara(parameter, key, value);
            return array2String(parameter, splitPunc);
        }catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
            return null;
        }
    }
    /**
     * @function 替换一个参数
     * @param para 参数数组
     * @param key 参数名称
     * @param value 新参数值
     * @return
     */
    public static String [] replacePara(String [] para , String key , String value){
        try{
            for(int i = 0 ; i < para.length ; i++){
                String paraName = para[i];
                if(paraName.contains(key)){
                    int nextIndex = i + 1;
                    if(nextIndex < para.length){
                        if(!para[nextIndex].contains("-"))
                            para[nextIndex] = value;
                    }
                }
            }
            return para;
        }catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
            return null;
        }
    }
}

　　　　d) 生成arff文件的辅助类

package com.lvxinjian.alg.models.generatefile;

import java.io.BufferedWriter;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;
import java.io.OutputStreamWriter;
import java.nio.charset.Charset;
import java.util.HashMap;
import java.util.List;
import java.util.concurrent.Callable;

import weka.core.Attribute;
import weka.core.FastVector;
import weka.core.Instance;
import weka.core.Instances;
import weka.core.SparseInstance;

import com.iminer.alg.models.getInstance.InstanceFactory;
import com.iminer.tool.common.util.FileTool;


/**
 * @Description : 生成arff文件的工具类
 * @author : Lv Xinjian
 */
public class ArffFileUtils {
    
    /**
     * @function 生成特征向量
     * @param lexDataPath 特征文件路径
     * @param words    保存特征词
     * @param classifyAttribute 类别特征
     * @return    特征向量
     * @throws IOException 文件读取异常
     */
    public static FastVector GetAttributes(String lexDataPath , List<String> words ,ClassifyAttribute classifyAttribute)
            throws IOException {
        HashMap<Integer, String> termId_term = FileTool.LoadIdStrFromFile(
                lexDataPath, 0, 0, 1, "	", Charset.forName("utf8"));
        FastVector atts = new FastVector();
        // - numeric        
        for (int tid = 0; tid < termId_term.size(); tid++) {        
            atts.addElement(new Attribute(termId_term.get(tid)));    
            words.add(termId_term.get(tid));
        }                
        atts.addElement(new Attribute(classifyAttribute.getClassname(), classifyAttribute.getAttClassLabel()));
                
        System.out.println("atribute size :" + atts.size());
        return atts;
    }
    /**
     * @function 保存Arff文件
     * @param data arff格式的数据
     * @param outputPath 数据保存路径
     * @return
     */
    public static boolean savaInstances(Instances data , String outputPath)
    {
        try{
            BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(
                    new FileOutputStream(outputPath), Charset.forName("utf-8")));

            bw.write(data.toString());
            bw.close();
        }catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
            return false;
        }
        return true;
    }
}
/**
 * @Description 分类器 类别特征
 * @author Administrator
 *
 */
class ClassifyAttribute{
    /**
     * 分类特征名 ， 默认为"CLASS"
     */
    private String classname = "CLASS";
    private FastVector attClassLabel = new FastVector();
    public ClassifyAttribute(String [] labels){
        for(String label: labels){
            this.attClassLabel.addElement(label);
        }
    }
    public ClassifyAttribute(){}
    /**
     * @function 获取类别特征名
     * @return
     */
    public String getClassname() {
        return classname;
    }
    /**
     * @functoin 设置类别特征名
     * @param classname
     */
    public void setClassname(String classname) {
        this.classname = classname;
    }
    /**
     * @function 获取类别特征
     * @return 类别特征
     */
    public FastVector getAttClassLabel() {
        return attClassLabel;
    }
    /**
     * @function 设置类别特征
     * @param attClassLabel
     */
    public void setClassLabel(FastVector attClassLabel) {
        this.attClassLabel = attClassLabel;
    }    
    /**
     * @function 设置类别特征分类标签
     * @param labels
     */
    public void setClassLabel(String [] labels) {
        for(String label: labels){
            this.attClassLabel.addElement(label);
        }
    }    
    
}

/**
 * @Description 把字符串转化成 instance实例
 * @author Administrator
 *
 */
class MyCallableClass implements Callable{    
    /**
     * 输入的文本
     */
    private String _text;
    /**
     * 文本的极性标签
     */
    private double _labelVal;
    /**
     * 生成instance的方法
     */
    private String _getInstancesMothed = null;    
    /**
     * 获取instance方法 的 初始化词表
     */
    private List<String> _set = null;
    /**
     * @function 构造函数，初始化参数
     * @param labelVal 极性类别标签
     * @param text 输入的文本内容
     * @param set 获取instance方法 的 初始化词表
     * @param getInstancesMothed 生成instance的方法
     */
    public MyCallableClass(final double labelVal, String text ,List<String> set ,String getInstancesMothed)
    {
        this._text = text;                
        this._labelVal = labelVal;
        this._getInstancesMothed = getInstancesMothed;            
        this._set = set;
        
    }    
    public Instance call() throws Exception{
        double[] vals;
        try {
            //获取instance的double 数组
            vals = InstanceFactory.getInstance(this._getInstancesMothed, this._set ).getInstanceFromText(this._text );
            if (vals != null) {
                vals[vals.length - 1] = _labelVal;
                SparseInstance si = new SparseInstance(1.0, vals);    
                return si;
            }    

        } catch (Exception e) {        
            e.printStackTrace();
        }
        return null;     
       
    }     
} 

　　　　e) 以上代码缺少了几个类，但由于涉及到公司的保密制度，所以不方便上传。如有疑问，可以给我留言。（其实就是一个生成instance的方法，不过我的方法中揉了些东西进去，方法本身很简单，几行代码的事儿，有空我会补上）

四、小结

　　　　1、考虑到抽取instance可能会有不同的需求，所以用了一个工厂类，这样方便 使用和新方法的添加。

　　　　2、考虑到效率问题，所以使用了多线程进行生成。

　　　　3、代码的结构、风格以及变量命名是硬伤，希望多多批评、指点。