好吧，用SharePoint Server 2007实现搜索Domino Notes的确是个艰苦的活儿...我也是被折磨得不行。希望本文能为你节省一些时间。
首先，我们team的Search技术专家Jie Li曾经写过一篇如何配置SharePoint Server 2007来搜索Domino Notes的中文文档，被包含在“微软企业搜索解决方案部署快速启动工具包1.0”中，而这个工具包则被包含在“微软企业业务生产力基础架构（BPIO）解决方案包”中。如果你曾经从微软拿到了那个大大的“解决方案包”（包括N张DVD），那么里面有专门的一张DVD就是“微软企业搜索解决方案部署快速启动工具包1.0”。如果没有，那么就直接用下面的链接下载。
微软企业搜索解决方案部署快速启动工具包1.0下载
Jie Li同志贡献的除了文档，在那个方案包中还有一些相关的录屏、示范代码等，都值得仔细阅读。
在微软TechNet网站上，有两篇相关的配置文档，在动手之前，也建议从头到尾仔细阅读一遍。
Prepare to crawl Lotus Notes (Office SharePoint Server 2007)
Configure Office SharePoint Server Search to crawl Lotus Notes (Office SharePoint Server 2007)
如果配置过程出现了问题，那么就到下面的页面中仔细找找，看看是否遇到了相应的问题。
Troubleshoot a Lotus Notes configuration (Office SharePoint Server 2007)
在整个配置过程中，最复杂的，应该就是如何做好AD用户与Notes用户的映射，并保证搜索结果也是进行了权限过滤的（即一个AD用户所对应的Notes用户如果在Notes中无权限查看某个文档，那么这个用户在SharePoint Server的搜索结果中也不会看到这个文档）。如果在参考了上面的配置文档仍然无法正确最好搜索的权限过滤，那么你可以考虑一个“歪招”，我将具体的做法写了一个文档，可以下载后参考。
在你的配置过程中，可能发现需要编程访问Domino中的数据。对于一个.NET Developer来说，最好的选择就是使用Domino Objects这个COM接口。在机器上安装了Notes Client之后，就可以在Visual Studio中直接引用此COM接口了。
更详细的做法当然是参考IBM提供的文档了。
在 Microsoft .NET 应用程序中使用 IBM Lotus Domino
Common ground: COM access to Domino objects
最后，如果你有很多很多的Domino数据库需要爬网，那么可以尝试使用MOSS Search Admin这个工具。