ubuntu18 + caffe+cpu+anaconda3

本记录只暂时只记录一些错误。

编译错误,opencv3.2与anaconda3下的libtiff不兼容,冲突。

问题查找(查找所有的TIFF库与编译错误提示匹配/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_imgcodecs.so.3.2.0: undefined reference to `TIFFReadRGBAStrip@LIBTIFF_4.0',可以确定是anaconda3//pkgs目录下的libtiff与opencv3.2冲突):

 1 wmz@wmz-ThinkPad-T420s:~$ locate libtiff.so
 2 /home/wmz/anaconda3/lib/libtiff.so
 3 /home/wmz/anaconda3/lib/libtiff.so.5
 4 /home/wmz/anaconda3/lib/libtiff.so.5.2.4
 5 /home/wmz/anaconda3/pkgs/libtiff-4.0.6-2/lib/libtiff.so
 6 /home/wmz/anaconda3/pkgs/libtiff-4.0.6-2/lib/libtiff.so.5
 7 /home/wmz/anaconda3/pkgs/libtiff-4.0.6-2/lib/libtiff.so.5.2.4
 8 /snap/code/25/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5
 9 /snap/code/25/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5.2.4
10 /snap/gnome-3-28-1804/116/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5
11 /snap/gnome-3-28-1804/116/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5.3.0
12 /snap/gnome-3-28-1804/67/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5
13 /snap/gnome-3-28-1804/67/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5.3.0
14 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so
15 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5
16 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5.3.0

解决办法,卸载冲突的libtiff库,先确定库名字:

使用命令:

conda list

执行结果:

  1 wmz@wmz-ThinkPad-T420s:~$ conda list
  2 # packages in environment at /home/wmz/anaconda3:
  3 #
  4 _license                  1.1                      py35_1  
  5 _nb_ext_conf              0.3.0                    py35_0  
  6 alabaster                 0.7.9                    py35_0  
  7 anaconda                  4.2.0               np111py35_0  
  8 anaconda-clean            1.0.0                    py35_0  
  9 anaconda-client           1.5.1                    py35_0  
 10 anaconda-navigator        1.3.1                    py35_0  
 11 argcomplete               1.0.0                    py35_1  
 12 astroid                   1.4.7                    py35_0  
 13 astropy                   1.2.1               np111py35_0  
 14 babel                     2.3.4                    py35_0  
 15 backports                 1.0                      py35_0  
 16 beautifulsoup4            4.5.1                    py35_0  
 17 bitarray                  0.8.1                    py35_0  
 18 blaze                     0.10.1                   py35_0  
 19 bokeh                     0.12.2                   py35_0  
 20 boto                      2.42.0                   py35_0  
 21 bottleneck                1.1.0               np111py35_0  
 22 cairo                     1.12.18                       6  
 23 cffi                      1.7.0                    py35_0  
 24 chest                     0.2.3                    py35_0  
 25 click                     6.6                      py35_0  
 26 cloudpickle               0.2.1                    py35_0  
 27 clyent                    1.2.2                    py35_0  
 28 colorama                  0.3.7                    py35_0  
 29 conda                     4.2.9                    py35_0  
 30 conda-build               2.0.2                    py35_0  
 31 configobj                 5.0.6                    py35_0  
 32 contextlib2               0.5.3                    py35_0  
 33 cryptography              1.5                      py35_0  
 34 curl                      7.49.0                        1  
 35 cycler                    0.10.0                   py35_0  
 36 cython                    0.24.1                   py35_0  
 37 cytoolz                   0.8.0                    py35_0  
 38 dask                      0.11.0                   py35_0  
 39 datashape                 0.5.2                    py35_0  
 40 dbus                      1.10.10                       0  
 41 decorator                 4.0.10                   py35_0  
 42 dill                      0.2.5                    py35_0  
 43 docutils                  0.12                     py35_2  
 44 dynd-python               0.7.2                    py35_0  
 45 entrypoints               0.2.2                    py35_0  
 46 et_xmlfile                1.0.1                    py35_0  
 47 expat                     2.1.0                         0  
 48 fastcache                 1.0.2                    py35_1  
 49 filelock                  2.0.6                    py35_0  
 50 flask                     0.11.1                   py35_0  
 51 flask-cors                2.1.2                    py35_0  
 52 fontconfig                2.11.1                        6  
 53 freetype                  2.5.5                         1  
 54 get_terminal_size         1.0.0                    py35_0  
 55 gevent                    1.1.2                    py35_0  
 56 glib                      2.43.0                        1  
 57 greenlet                  0.4.10                   py35_0  
 58 gst-plugins-base          1.8.0                         0  
 59 gstreamer                 1.8.0                         0  
 60 h5py                      2.6.0               np111py35_2  
 61 harfbuzz                  0.9.39                        1  
 62 hdf5                      1.8.17                        1  
 63 heapdict                  1.0.0                    py35_1  
 64 icu                       54.1                          0  
 65 idna                      2.1                      py35_0  
 66 imagesize                 0.7.1                    py35_0  
 67 ipykernel                 4.5.0                    py35_0  
 68 ipython                   5.1.0                    py35_0  
 69 ipython_genutils          0.1.0                    py35_0  
 70 ipywidgets                5.2.2                    py35_0  
 71 itsdangerous              0.24                     py35_0  
 72 jbig                      2.1                           0  
 73 jdcal                     1.2                      py35_1  
 74 jedi                      0.9.0                    py35_1  
 75 jinja2                    2.8                      py35_1  
 76 jpeg                      8d                            2  
 77 jsonschema                2.5.1                    py35_0  
 78 jupyter                   1.0.0                    py35_3  
 79 jupyter_client            4.4.0                    py35_0  
 80 jupyter_console           5.0.0                    py35_0  
 81 jupyter_core              4.2.0                    py35_0  
 82 lazy-object-proxy         1.2.1                    py35_0  
 83 leveldb                   0.201                     <pip>
 84 libdynd                   0.7.2                         0  
 85 libffi                    3.2.1                         0  
 86 libgcc                    4.8.5                         2  
 87 libgfortran               3.0.0                         1  
 88 libpng                    1.6.22                        0  
 89 libsodium                 1.0.10                        0  
 90 libtiff                   4.0.6                         2  
 91 libxcb                    1.12                          0  
 92 libxml2                   2.9.2                         0  
 93 libxslt                   1.1.28                        0  
 94 llvmlite                  0.13.0                   py35_0  
 95 locket                    0.2.0                    py35_1  
 96 lxml                      3.6.4                    py35_0  
 97 markupsafe                0.23                     py35_2  
 98 matplotlib                1.5.3               np111py35_0  
 99 mistune                   0.7.3                    py35_0  
100 mkl                       11.3.3                        0  
101 mkl-service               1.1.2                    py35_2  
102 mpmath                    0.19                     py35_1  
103 multipledispatch          0.4.8                    py35_0  
104 nb_anacondacloud          1.2.0                    py35_0  
105 nb_conda                  2.0.0                    py35_0  
106 nb_conda_kernels          2.0.0                    py35_0  
107 nbconvert                 4.2.0                    py35_0  
108 nbformat                  4.1.0                    py35_0  
109 nbpresent                 3.0.2                    py35_0  
110 networkx                  1.11                     py35_0  
111 nltk                      3.2.1                    py35_0  
112 nose                      1.3.7                    py35_1  
113 notebook                  4.2.3                    py35_0  
114 numba                     0.28.1              np111py35_0  
115 numexpr                   2.6.1               np111py35_0  
116 numpy                     1.11.1                   py35_0  
117 odo                       0.5.0                    py35_1  
118 openpyxl                  2.3.2                    py35_0  
119 openssl                   1.0.2j                        0  
120 pandas                    0.18.1              np111py35_0  
121 partd                     0.3.6                    py35_0  
122 patchelf                  0.9                           0  
123 path.py                   8.2.1                    py35_0  
124 pathlib2                  2.1.0                    py35_0  
125 patsy                     0.4.1                    py35_0  
126 pep8                      1.7.0                    py35_0  
127 pexpect                   4.0.1                    py35_0  
128 pickleshare               0.7.4                    py35_0  
129 pillow                    3.3.1                    py35_0  
130 pip                       8.1.2                    py35_0  
131 pixman                    0.32.6                        0  
132 pkginfo                   1.3.2                    py35_0  
133 ply                       3.9                      py35_0  
134 prompt_toolkit            1.0.3                    py35_0  
135 protobuf                  3.11.3                    <pip>
136 psutil                    4.3.1                    py35_0  
137 ptyprocess                0.5.1                    py35_0  
138 py                        1.4.31                   py35_0  
139 pyasn1                    0.1.9                    py35_0  
140 pycosat                   0.6.1                    py35_1  
141 pycparser                 2.14                     py35_1  
142 pycrypto                  2.6.1                    py35_4  
143 pycurl                    7.43.0                   py35_0  
144 pyflakes                  1.3.0                    py35_0  
145 pygments                  2.1.3                    py35_0  
146 pylint                    1.5.4                    py35_1  
147 pyopenssl                 16.0.0                   py35_0  
148 pyparsing                 2.1.4                    py35_0  
149 pyqt                      5.6.0                    py35_0  
150 pytables                  3.2.3.1             np111py35_0  
151 pytest                    2.9.2                    py35_0  
152 python                    3.5.2                         0  
153 python-dateutil           2.8.1                     <pip>
154 python-dateutil           2.5.3                    py35_0  
155 python-gflags             3.1.2                     <pip>
156 pytz                      2016.6.1                 py35_0  
157 pyyaml                    3.12                     py35_0  
158 pyzmq                     15.4.0                   py35_0  
159 qt                        5.6.0                         0  
160 qtawesome                 0.3.3                    py35_0  
161 qtconsole                 4.2.1                    py35_1  
162 qtpy                      1.1.2                    py35_0  
163 readline                  6.2                           2  
164 redis                     3.2.0                         0  
165 redis-py                  2.10.5                   py35_0  
166 requests                  2.11.1                   py35_0  
167 rope                      0.9.4                    py35_1  
168 ruamel_yaml               0.11.14                  py35_0  
169 scikit-image              0.12.3              np111py35_1  
170 scikit-learn              0.17.1              np111py35_2  
171 scipy                     0.18.1              np111py35_0  
172 setuptools                27.2.0                   py35_0  
173 simplegeneric             0.8.1                    py35_1  
174 singledispatch            3.4.0.3                  py35_0  
175 sip                       4.18                     py35_0  
176 six                       1.10.0                   py35_0  
177 snowballstemmer           1.2.1                    py35_0  
178 sockjs-tornado            1.0.3                    py35_0  
179 sphinx                    1.4.6                    py35_0  
180 spyder                    3.0.0                    py35_0  
181 sqlalchemy                1.0.13                   py35_0  
182 sqlite                    3.13.0                        0  
183 statsmodels               0.6.1               np111py35_1  
184 sympy                     1.0                      py35_0  
185 terminado                 0.6                      py35_0  
186 tk                        8.5.18                        0  
187 toolz                     0.8.0                    py35_0  
188 tornado                   4.4.1                    py35_0  
189 traitlets                 4.3.0                    py35_0  
190 unicodecsv                0.14.1                   py35_0  
191 wcwidth                   0.1.7                    py35_0  
192 werkzeug                  0.11.11                  py35_0  
193 wheel                     0.29.0                   py35_0  
194 widgetsnbextension        1.2.6                    py35_0  
195 wrapt                     1.10.6                   py35_0  
196 xlrd                      1.0.0                    py35_0  
197 xlsxwriter                0.9.3                    py35_0  
198 xlwt                      1.1.2                    py35_0  
199 xz                        5.2.2                         0  
200 yaml                      0.1.6                         0  
201 zeromq                    4.1.4                         0  
202 zlib                      1.2.8                         3 
View Code

从中可以找到库名字就是libtiff,版本号不需要使用,卸载该库:

使用命令:

conda uninstall libtiff

执行结果:

 1 wmz@wmz-ThinkPad-T420s:~$ conda uninstall libtiff
 2 Fetching package metadata .......
 3 Solving package specifications: .
 4 Package plan for package removal in environment /home/wmz/anaconda3:
 5 
 6 The following packages will be REMOVED:
 7 
 8     libtiff: 4.0.6-2
 9 
10 Proceed ([y]/n)? y
11 
12 Unlinking packages ...
13 [      COMPLETE      ]|###################################################| 100%

 再次编译遇到错误:

 1 [ 88%] Linking CXX executable caffe
 2 //usr/lib/libgdal.so.20: undefined reference to `sqlite3_column_origin_name'
 3 //usr/lib/libgdal.so.20: undefined reference to `sqlite3_column_table_name'
 4 collect2: error: ld returned 1 exit status
 5 tools/CMakeFiles/caffe.bin.dir/build.make:134: recipe for target 'tools/caffe' failed
 6 make[2]: *** [tools/caffe] Error 1
 7 CMakeFiles/Makefile2:533: recipe for target 'tools/CMakeFiles/caffe.bin.dir/all' failed
 8 make[1]: *** [tools/CMakeFiles/caffe.bin.dir/all] Error 2
 9 Makefile:129: recipe for target 'all' failed
10 make: *** [all] Error 2

显示是sqlite3_colum_origin_name 未定义引用,就是找不到,在anaconda下查找有sqlite,可能是版本不匹配,执行更新命令:

conda update sqlite
原文地址:https://www.cnblogs.com/juluwangshier/p/12359330.html