使用MetaLogo对不等长序列绘制Sequence logo

最近,我开发了一个名为MetaLogo的工具,旨在为多组不同长度或其他特征的序列制作sequence logo。

MetaLogo 布局

我们都知道WebLogo可以制作sequence logo,但是,与其他sequence logo生成器一起,这些工具只能接受等长的序列。虽然多序列比对 (MSA) 似乎是一种解决方案,但这一点也不完美。我们只是有时需要区分序列的长度。例如,当我们分析免疫组库时,我们肯定知道 14-bp CDR3 和 30-bp CDR3 可以完全针对不同的抗原,而 MSA 毫无帮助。我们需要按长度将序列分成不同的组。然后我们需要一个工具来为每个组绘制sequence logo并将它们组合成一个图形。如果该工具可以对这些sequence logo进行一些对齐和填充,以突出不同组序列之间的异同,那就完美了!

因此,我们开发了MetaLogo!

您可以直接输入您的序列文件,其中包含数千个不同长度的序列,并制作您对齐的多个sequence logo。除了长度之外,您还可以按其他标准对序列进行分组。

更重要的是,MetaLogo 可以制作漂亮且高度可定制的sequence logo。您可以访问它的公共Web服务器(http://metalogo.omicsnet.org),也可以安装python包(pip install MetaLogo)。您甚至可以在本地网络中轻松构建自己的 Web 服务器。一个临时开发服务器和一个高效的生产 docker 服务器都可用。

太棒了。去尝试一下。这是教程:https://github.com/labomics/MetaLogo/wiki,这里是网络服务器(http://metalogo.omicsnet.org)。

如果你有任何问题,请在这里留言,或者在github上创建一个问题,你也可以给我发邮件(在MetaLogo webserver中找到地址)。

谢谢。

原文地址:https://www.cnblogs.com/ifykwf/p/15135427.html