SnpHub搭建（三） | 手动处理数据后的配置文件填写

在完成了数据的手动预处理和样本描述文件的准备（处理教程：SnpHub搭建 | 数据预处理与样本描述文件准备）之后，就可以开始配置SnpHub实例了。

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• 1. SnpHub框架下载
• 2. 填写配置文件
  • 不需要或信息缺失时的处理
• 3. 特殊配置项目
  • 3.1 使用自定义路径的SAMtools工具集与seqkit
  • 3.2 引入其他位置的R lib

1. SnpHub框架下载

可以从GitHub上进行SnpHub框架的下载。下载方法可以是直接用git clone，也可以下载为zip文件。

git clone https://github.com/esctrionsit/snphub

2. 填写配置文件

从GitHub上下载的SnpHub中，有一个advanced_config.R文件，其内容如下。

# filepaths
path_fa_index <- "./test/Aet_v4.0.fasta.fai"
path_geneindex <- "./test/geneinfo.txt"
path_vcf <- "./test/Aet.ann.bcf.gz"

path_gff3 <- "./test/Aet_v4.0.gff3.gz"
path_fasta <- "./test/Aet_v4.0.fasta"

path_metadata <- "./test/sample_name.txt"
path_groupdata <- "./test/group_info.txt"
path_sam_location <- "./test/location_info.txt"


path_sysinfo <- "./test/sys_info.txt"

path_UIsetting <- "./test/Aet.json"

不难发现，配置文件的每一项都是由配置项名称、->和用引号引住的文件路径构成。例如第一项，就是对于配置项path_fa_index，填入fasta文件的索引文件路径"./test/Aet_v4.0.fasta.fai"

path_fa_index <- "./test/Aet_v4.0.fasta.fai"

本配置文件中的大部分，都在数据处理教程（处理教程：SnpHub搭建 | 数据预处理与样本描述文件准备）中能够找到，同时下载的SnpHub自带一个demo数据集（位于./test/路径下），因此不再赘述。

path_UIsetting项记录了SnpHub实例每个功能页面的初始值，可参照demo文件填写。

不需要或信息缺失时的处理

对于path_sysinfo和path_UIsetting两项，在不需要时可填入NA。

path_sysinfo <- NA
path_UIsetting <- NA

对于样本地理信息项path_sam_location，不需要（或没有信息）时需要创建空文件，并将空文件路径填入。

对于分组信息项path_groupdata，至少需要记录有一个分组，目前不能留空文件。

3. 特殊配置项目

3.1 使用自定义路径的SAMtools工具集与seqkit

打开配置文件setup.conf，从第63行开始，可以分别定义各个软件的自定义路径

3.2 引入其他位置的R lib

在配置文件setup.conf底部添加下述代码即可（路径替换成自己的）

.libPaths(c("/R_lib1", "/user/somebody/R_lib2", "/user/somebodyelse/R/lib3"))