linux bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C

bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C.


Aid文件:
ID001.1
ID032.1
ID090.10

Bfilt文件:
XX XX XXX ID001.1 XXX
999999999999999999999999999999999999999
XX XX XXX ID055.1 XXX
6666666666666666666666666666666666666
XX XX XXX ID032.1 XXX
333333333333333333333333333333333333333

要得到Cnew文件:
XX XX XXX ID001.1 XXX
999999999999999999999999999999999999999
XX XX XXX ID032.1 XXX
333333333333333333333333333333333333333

awk 'NR==FNR{a[FNR]=$0} NR>FNR{for(i in a)if($0~a[i]){print;getline;print}}' Aid Bfilt >Cnew

## 输出匹配id的行,不输出其下一行

awk 'NR==FNR{a[FNR]=$0} NR>FNR{for(i in a)if($0~a[i]){print;}}' Aid Bfilt

 注意:

1 当文件很庞大时,这个十分慢;用 extractfastabyid 处理。

2 这个匹配是包含关系, AAA会匹配AAA1,AAAAA1等。

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