使用 bcftools 进行基因型过滤（genotypes QC）

基因型过滤标准：保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点：

bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > genotypes.chr22.vcf.gz

  • --types snps -m 2 -M 2 指的是保留双等位基因(biallelic sites)；
  • 0.05:minor 指的是次等位基因频率大于0.05；
  • genotypes.chr22.vcf.gz 指的是过滤后的输出文件；
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原文地址：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/15128023.html