本周最新文献速递20210131

本周最新文献速递

文献题目: Integrating human brain proteomes with genome-wide association data implicates new proteins in Alzheimer's disease pathogenesis

不想看英文题目: 整合人脑蛋白质组与全基因组关联数据,揭示阿尔茨海默氏病新蛋白质

杂志和影响因子: Nat Genet(27.603 1区 )

研究意义: 全基因组关联分析(GWAS)鉴定了多个阿尔茨海默氏病(AD)风险位点,但这些位点是如何影响AD仍不清楚。通过整合人脑蛋白质组与全基因组关联数据,为AD的发病机理提供新见解。

结论:

1)整合AD GWAS结果(n=455,258)与376个人脑蛋白质组进行蛋白质组关联分析(PWAS),发现13个基因的蛋白质水平与AD相关;

2)13个基因中,10个基因在重复队列被验证出来;

3)使用COLOC和SMR进行共定位分析,13个基因中,9个基因进一步被证实与AD相关;

4)结合共定位分析和重复队列的结果,9个基因中,5个基因 (CTSH, DOC2A, ICA1L, LACTB 和 SNX32)在重复队列中被重复出来;

5)对 AD(n = 63,926),肌萎缩性侧索硬化(n = 80,610),帕金森病(n = 1,474,097),神经质(n = 390,278),身高(n = 693,529),体重指数(n = 681,275)和腰臀比(n = 694,649)进行PWAS分析,发现AD PWAS与AD GWAS重合度最高,说明AD PWAS结果具有特异性

文章链接:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33510477/

DOI: 10.1038/s41588-020-00773-z

公开的资料:

pQTL:https://doi.org/10.7303/syn23627957

文献题目: Dysregulation of the NRG1-ERBB pathway causes a developmental disorder with gastrointestinal dysmotility in humans

不想看英文题目: NRG1-ERBB通路失调引起人类胃肠道运动能紊乱相关的发育障碍

杂志和影响因子: J Clin Invest(11.864 1区)

研究意义: 先天性巨结肠症(HSCR)为常见的肠神经系统发育异常疾病,活产发生率为1/5000。慢性假性肠梗阻(CIPO)的发生率较低,按照发病来源可分为肌源性和神经源性。CIPO具有遗传异质性,通常由平滑肌特异性突变基因引起。本文通过研究一系列胃肠道运动能紊乱发育障碍相关疾病,探究其潜在的分子机制。

结论:

1)外显子测序表明双突变ERBB3/ERBB2主要与HSCR、CIPO、周围神经性疾病和关节软化有关;

2)肠道组织学检查观察到神经节和肠平滑肌异常;

3)此外,单细胞RNA测序数据进一步揭示ERBB3在肠祖细胞的重要作用;

4)RT-qPCR显示ERBB3/ERBB2突变表现为基因表达水平降低或受体磷酸化发生改变;

5)总结:ERBB3或ERBB2的失调会引起广泛的发育异常,包括胃肠道运动能紊乱相关的发育障碍;

文章链接:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33497358/

doi: 10.1172/JCI145837

文献题目: Exploiting the GTEx resources to decipher the mechanisms at GWAS loci

不想看英文题目: 利用GTEx资源揭示GWAS位点的机制

杂志和影响因子: Genome Biol(10.806 1区 )

研究意义: 从转录组层面揭示全基因组关联研究发现的基因座潜在的规律。

结论:

  1. GTEx:49个组织、70例全基因组测序数据(WGS)、87个研究、23,268个蛋白质编码基因和lncRNA;

2)GWAS数据集:纳入了74种不同复杂特征,包括心脏代谢、血液学、神经系统疾病和人体测量学等;

3)整合GTEx和GWAS数据,观察到复杂性状相关位点主要为eQTL和sQTL,表明在复杂性状相关位点参与基因的表达和剪接调控;

4)eQTL和sQTL位点对复杂性状呈现剂量依赖性效应;

5)通过enloc和PrediXcan方法整合共定位和关联分析结果,发现47%的GWAS基因座调控基因表达;

6)比较enloc、PrediXcan、SMR三种方法,显示PrediXcan和enloc均表现出较好的灵敏度和特异性;

文章链接:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33499903/

10.1186/s13059-020-02252-4

公开的资料:

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02252-4#availability-of-data-and-materials


周末愉快~!

原文地址:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/14354678.html