python学习——使用argparse参数解释器传递命令行参数

argparse是python中用于传递和解析命令行参数的模块，例如：

从cmd输入命令行

E:15_pythonDEBUG>python fasta_argparse.py -avg -min_len 50  100 10 200 40

回车得到

total length:300.00
average length:150.00

下面用实例介绍一下在python编程是如何使用：

# 第一步，导入argparse模块
import argparse
# 第二步，构建参数解释器
parser = argparse.ArgumentParser(description='This is a example program') 
# 第三步，添加参数，可以是定位参数（例如'chr'），或者可选参数（例如'-min_len'）,加有'-'的表示是可选参数
parser.add_argument('chr',
                    type=int, # 把从命令行传递的参数转为指定的类型
                    nargs='+', # '*'表示输入任意个参数，'+'表示输入1个或多个参数，'?'表示输入0个或1个参数
                    help='length for chr')
parser.add_argument('-min_len',
                    type=int,
                    # default=50
                    choices=[20,50,100], # 限定-min
                    required=True, # 限定必须输入-min_len参数
                    help='min length cutoff for sequence')
parser.add_argument('-avg',
                    action='store_true', #添加开关，即触发参数的动作
                    help='Turn on average length statistics')

# 第四步，解释参数
args = parser.parse_args()
chr_len = [i for i in args.chr if i > args.min_len] #使用列表生成式对传递的参数进行cut
print('total length:{:.2f}'.format(sum(chr_len)))

if args.avg:
    avg_len = sum(chr_len)/len(chr_len)
    print('average length:{:.2f}'.format(avg_len))

add_argument()常用的参数：
dest：如果提供dest，例如dest="a"，那么可以通过args.a访问该参数
default：设置参数的默认值
action：参数触发的动作
store：保存参数，默认
store_const：保存一个被定义为参数规格一部分的值（常量），而不是一个来自参数解析而来的值。
store_ture/store_false：保存相应的布尔值
append：将值保存在一个列表中。
append_const：将一个定义在参数规格中的值（常量）保存在一个列表中。
count：参数出现的次数
version：打印程序版本信息
type：把从命令行输入的结果转成设置的类型
choice：允许的参数值

nargs：命令行参数的个数，一般使用通配符表示，其中，'*'表示输入任意个参数，'+'表示输入1个或多个参数，'?'表示输入0个或1个参数

required：required=True将可选参数设置为必须输入的参数

help：参数命令的介绍