1.处理流程

data.count = Read10X(data.dir = "...")
data = CreateSeuratObject(counts = data.count, min.cells = 3, min.features = 200)
data = NormalizeData(object = data)
data = FindVariableFeatures(object = data)
data = ScaleData(object = data)
data = RunPCA(object = data)
data = FindNeighbors(object = data)
data = FindClusters(object = data, resolution = 0.8)

2.访问

raw counts，是cellranger或者其他计数软件得到的原始count文件：

data@assays$RNA@counts

经过文库标准化并且经过log transformed data的数据：

data@assays$RNA@data

data@assays$RNA@scale.data

3.降维聚类

细胞类型：

data@active.ident

这里表示的是降维聚类后，每一类所拥有的细胞，或者说是每一类各对应哪些细胞。

#pca降维
data@reductions$pca@cell.embeddings

#umap降维
data@reductions$umap@cell.embeddings