cuffdiff：
cuffdiff的输入
1. bam文件
2. control和treat两组样本。每组可包含一个或多个样本。
若执行：cuffdiff c1,c2,c3 t1,t2,t3，则得到1个差异列表。
若分别执行：cuffdiff c1 t1 cuffdiff c2 t2 cuffdiff c3 t3，则得到3个差异列表。
比如，造模组造了3只小鼠，每只小鼠分别取样做RNA-seq；同样，对照组也做类似处理。（这是生物学重复）。
cuffquant得到一个.cxb的二进制文件。
cuffnorm