UserEndpoint和ApplicationEndpoint都可以用来做通讯，但是主要区别为：
UserEndpoint代表一个Lync功能开启的AD用户，比如模拟桌面/网页客户端、自动电话应答机等。
ApplicationEndpoint代表一个Lync功能开启的AD联系人， ApplicationEndpoint可用作一个大型实时服务，提供给非常多的用户，比如电话路由系统、语音交互系统等。 以下几篇文章很经典的说明了他们的区别。
User Endpoints and Application Endpoints http://msdn.microsoft.com/en-us/library/hh347385.aspx
UserEndpoint or ApplicationEndpoint: Which One to Use http://msdn.microsoft.com/en-us/ff427415.aspx
ApplicationEndpoint & UserEndpoint & Lync API http://social.msdn.microsoft.com/Forums/zh-CN/communicatorsdk/thread/d57f6671-99ec-461c-a4c4-22f24fb3897a
关于部署，建议参考UCMA SDK自带的部署Contact Center Application的文档和UCMA Runtime Deploying Lync 2010 Contact Center Application http://msdn.microsoft.com/en-us/library/hh285604.aspx UCMA 3.0 Runtime http://msdn.microsoft.com/en-us/library/hh364915.aspx
ApplicationEndpoint类是，主要是由服务器应用程序，使用和提供最终用户的通信和协作服务的终结点类型。
UserEndpoint类是主要是用来表示终结点具有 SIP 身份的用户的终结点类型。部署时需要安装UCMA Runtime即可
路由基础知识 在活动目录中的联系人对象使 Lync 服务器 2010年将消息路由到应用程序终结点。应用程序可以部署在一台服务器或服务器池组成。当服务器部署在一个池时，池中的每台计算机运行应用程序的一个实例。每个应用程序实例都对应于应用程序配置为使用的联系人对象的应用程序终结点。当消息到达时，针对 URI 或电话联系人对象的 URI Lync 服务器 2010年路由逻辑可以查找的服务器部署应用程序池的 FQDN。然后调度消息，基于 DNS 负载均衡，一个在池中的服务器的地址的方式。有关基于 DNS 的负载平衡的详细信息，请参阅通用应用程序的激活. 虽然用户访问其终结点的知名的 Uri 的服务，通过针对应用程序的部署位置的池的 GRUU，而达到受信任的应用程序。如果应用程序 ID 已知，应用程序可以发现 GRUU 的另一个应用程序池。 CollaborationPlatform实例的TopologyConfiguration属性的GetApplicationTopologyData(String)方法返回所有的 GRUUs 的应用程序池。只有自动设置的应用程序可以使用此方法。
UserEndpoint 当创建一个UserEndpoint实例时， UserEndpointSettings对象初始化并传递到构造函数的终结点。如果设置不包含运行 Lync 服务器 2010年的服务器的 FQDN，DNS SRV 查询用于发现这样的服务器。
注册恢复 这两种类型的注册终结点刷新登记定期和连接断开之后。因为连接恢复可以花费的时间，终止该终结点之前的几分钟内重试 UCMA 3.0 内置的重试次数的默认数量。 LocalEndpointSettings实例上的MaxRegisterRetries属性可以用于增加重试的次数。重试次数虽然，终结点是在重建状态下， LocalEndpointState枚举值。 注册恢复完成后，自动刷新现有订阅。如果存在出版物丢失了因为 Lync 服务器 2010年计算机从服务中删除，则可能引发RepublishingRequired事件。应用程序应处理此事件，通过重新发布它的存在。