VMD-水溶液中注入离子

VMD中默认中性溶液不添加任何离子，故以下操作可加入指定数目的离子。

1.建水盒子：VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box

2.填写水盒子参数：如下

3. 加入离子：完成第二步建成水盒子后，会自动生成solvate.pdb 和solvate.psf文件，有三种加离子方式，后文有对应详解。 VMD Main操作：Extensions-Modeling-Add ions

生成一个ionized.psf的文件，会发现比原来的水盒子少了原子，因为加进去一个离子取代一个水分子，就少两个原子。

显示离子可以选择残基视图：Graphics-representations-selections-keyword-rename

可显示数量：如统计钾离子的数量

set K [atomselect top "rename POT"]

$K num

Tk控制台输入方法：

只有指定阳离子浓度或数量时，VMD才添加阳离子和等数量的阴离子：如图

（1）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -sc 3.15 -cation POT #加入盐浓Neutralize the system and add an additional 3.15mol/L KCl

（2）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -nions {{CAL 20} {CLA 30} {POT 10}} #加入Ca+20个 Cl-30个 K+10个

以下（3）（4）命令没有输入具体数量，溶液中显示不出来加入离子：

（3）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -neutralize #Neutralize the system with NaCl:

（4）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -neutralize -cation MG #Neutralize the system with MgCl₂

上述参数意义：neutralize使中和 ion离子 cation阳离子 aion 阴离子 salt concentration盐浓度

Usage: autoionize -psf file.psf -pdb file.pdb  [options]
Ion placement mode (choose one):
  -neutralize              -- only neutralize system
  -sc  -- neutralize and set salt concentration (mol/L)
  -nions {{ion1 num1} {ion2 num2} ...} -- user defined number of ions

Other options:
  -cation     -- default: SOD
  -anion      -- default: CLA
  -o               -- output file prefix (default: ionized)
  -from          -- min. distance from solute (default: 5A)
  -between       -- min. distance between ions (default: 5A)
  -seg            -- specify new segment name (default: ION)

Supported ions (CHARMM force field resnames):
   SOD -- sodium    (Na+)
   MG  -- magnesium (Mg2+)
   POT -- potassium (K+)
   CES -- cesium    (Cs+)
   CAL -- calcium   (Ca2+)
   ZN2 -- zinc      (Zn2+)
   CLA -- chloride  (Cl-)