[E::hts_idx_push] NO_COOR reads not in a single block at the end 10 -1

在分析转录组数据时，用bowtie2比对生成的bam文件，下一步call peak使用m6Aviewer，需要bam文件的index文件。所以我直接敲命令

samtools index xx.bam 

[E::hts_idx_push] NO_COOR reads not in a single block at the end 10 -1

报上面的错误。后来发现，samtools建索引时，bam或sam文件必须是排序好了的，而且必须使用samtools的默认排序方法，即坐标顺序排序。

time nohup samtools sort -@ 20 28.m6A.bam -o 28.m6A.sort.bam &

然后在进行index