IIS 6.0 可支持 32 位和 64 位两种模式。但是，IIS 6.0 不支持在 64 位版本的 Windows 上同时运行这两种模式。ASP.NET 1.1 只在 32 位模式下运行。而 ASP.NET 2.0 在 32 位或 64 位模式下都可以运行。因此，如果想要同时运行 ASP.NET 1.1 和 ASP.NET 2.0，必须在 32 位模式下运行 IIS。
要在 ASP.NET 的不同版本之间切换，请访问以下 Microsoft Developer Network (MSDN) 网站以下载并安装 ASP.NET 1.1 和 ASP.NET 2.0：
http://msdn2.microsoft.com/en-us/netframework/aa731542.aspx (http://msdn2.microsoft.com/en-us/netframework/aa731542.aspx)
例如，如果您正在运行 Microsoft Windows x64 Edition，请下载以下两种可再发行组件包：
.NET Framework 版本 2.0 可再发行组件包 x64（64 位）
.NET Framework 版本 1.1 可再发行组件包
安装可再发行组件包后，您就可以在 ASP.NET 的不同版本之间切换了。为此，应对每个 ASP.NET 版本完成以下操作步骤：
ASP.NET 1.1，32 位版本
要运行 32 位版本的 ASP.NET 1.1，按照以下步骤操作：
单击“开始”，单击“运行”，键入 cmd，然后单击“确定”。
键入以下命令启用 32 位模式：
cscript %SYSTEMDRIVE%\inetpub\adminscripts\adsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 1
键入以下命令，安装 ASP.NET 1.1 版本并在 IIS 根目录下安装脚本映射：
%SYSTEMROOT%\Microsoft.NET\Framework\v1.1.4322\aspnet_regiis.exe -i
确保在 Internet 信息服务管理器的 Web 服务扩展列表中，将 ASP.NET 版本 1.1.4322 的状态设置为允许。
ASP.NET 2.0，32 位版本
要运行 32 位版本的 ASP.NET 2.0，请按照以下步骤操作：
单击“开始”，单击“运行”，键入 cmd，然后单击“确定”。
键入以下命令启用 32 位模式：
cscript %SYSTEMDRIVE%\inetpub\adminscripts\adsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 1
键入以下命令，安装 ASP.NET 2.0（32 位）版本并在 IIS 根目录下安装脚本映射：
%SYSTEMROOT%\Microsoft.NET\Framework\v2.0.40607\aspnet_regiis.exe -i
确保在 Internet 信息服务管理器的 Web 服务扩展列表中，将 ASP.NET 版本 2.0.40607（32 位）的状态设置为允许。
ASP.NET 2.0，64 位版本
要运行 64 位版本的 ASP.NET 2.0，请按照以下步骤操作：
单击“开始”，单击“运行”，键入 cmd，然后单击“确定”。
键入以下命令禁用 32 位模式：
cscript %SYSTEMDRIVE%\inetpub\adminscripts\adsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 0
键入以下命令，安装 ASP.NET 2.0 版本并在 IIS 根目录下安装脚本映射：
%SYSTEMROOT%\Microsoft.NET\Framework64\v2.0.40607\aspnet_regiis.exe -i
确保在 Internet 信息服务管理器的 Web 服务扩展列表中，将 ASP.NET 版本 2.0.40607 的状态设置为允许。
注意：ASP.NET 2.0 的内部版本可能随当前发行的内部版本的变化而变化。这些步骤适用于内部版本 2.0.40607。
以下内容来自：http://support.microsoft.com/?id=895976
在 64 位版本的 Windows Server 2003 已安装 SP 1 的上, IIS 启动 32 位辅助进程或 64 位工作进程，根据为以下元数据库属性中的值：
W 3 SVC / AppPool / Enable32bitAppOnWin64
IIS 6.0 启动 64 位工作进程 Enable32bitAppOnWin64 属性值为 0 时或当属性为缺少。 如果该 Enable32bitAppOnWin64 属性是存在属性，且值是 0 以外，IIS 6.0 将启动 32 位工作进程。
IIS 6.0 不能确保该配置 ISAPI 筛选器 DLL 和 ISAPI 扩展 DLL 可以实际加载工作进程中。 您必须确保仅 32 位 ISAPI DLL 被配置为 32 位工作进程中加载或只有 64 位 ISAPI DLL 被配置为在 64 位工作进程中加载。
如果配置 32 位 ISAPI 筛选器在 64 位工作进程中加载的 DLL 或配置 64 位 ISAPI 筛选器 DLL 加载 32 位工作进程中，与以下内容类似的错误消息可能被写入应用程序日志：
------------------------------------------
事件类型： 错误
事件来源： W3SVC-WP
事件类别： 无
事件 ID： 2268
说明：
无法加载站点 / 服务的所有 ISAPI 筛选器。 因此启动中止。
数据： 0000: c 1 00 00 00
------------------------------------------
如果您配置 32 位 ISAPI 扩展 DLL 加载 64 位工作进程中，或者如果您配置 64 位 ISAPI 扩展 DLL 加载 32 位工作进程中，也可能会收到 500 错误响应的包含以下文本：
------------------------------------------
%1 不是有效的 Win 32 应用程序
------------------------------------------
我们还建议您使用 32 位调试程序来解决 32 位 Web 应用程序。 或者，使用 64 位调试程序解决 64 位 Web 应用程序。 转储文件信息可能无法准确如果使用下列方法之一：
您可以使用 64 位调试程序调试一个 32 位进程或应用程序。
您使用 32 位调试器调试 64 位进程或应用程序。