通过google大神解决了这个问题。
主要有两个因素会导致这样的错误出现，一是设置的cpu数目太多，二是输入文件太多。
如果吧-nt的数目减少可以解决这样的问题，但这是以付出更多时间为代价的。
一个有效的解决办法如下：
修改/etc/security/limits.conf（或/etc/limits.conf）
加入
* hard nofile 10000
注意，这个”*“号不能少
用普通用户重新登录，输入
ulimit -n 10000
这时可以用
ulimit -a | grep open
这个命令来查看是否正确的修改掉系统的限制，如果是
open files (-n) 10000
说明修改成功，这时gatk就可以正常运行了