基因
（鉴定DNA：可以直接利用DNA序列鉴别基因，但存在3个问题）
1.intron太长（使用用来连接的算法不可及）
2.因为通常功能基因的第一个oxen中有非编码区和启动子最后一个oxen中有终止子和非编码区，但是有些功能基因的第一个oxen或最后一个oxen只有非编码区，这样就很难识别
3.假基因（pseudogene）：通常是有功能的序列突变而成的无功能序列，在鉴定时会被误认为是有功能的序列（特别是具有相对完整编码序列同时具有突变转录信号的假基因）
（鉴定mRNA：因为鉴定基因是否具有功能的依据是是否产生mRNA，所以鉴定功能基因也可以去鉴定mRNA。）
可以使用mRNA反转录形成cDNA，在通过PCR扩增得到大规模序列分析（map 各种别的物种基因，因为同源序列（不同物种之间同源序列的相似度很高，仅是选择了不同基因家族扩张）上的基因位置是成对的，称为共线性synteny，如果不成对，则有可能缺失的一方是假基因）的方式，该方式称为反转录聚合酶链式反应。
（鉴定RNA：比mRNA数量大，但是受到以上比较同源基因共线性的启发，在鉴定RNA时，也可以采用比较的方法。）
（针对单一基因序列，想确认其是否被转录，可以采用表达序列标签（expressed sequence tag，EST），这个标签是cDNA的末端，通过识别该末端来确立在染色体上的位置）