mysql ibdata1存放数据，索引等，是MYSQL的最主要的数据。
如果不把数据分开存放的话，这个文件的大小很容易就上了G，甚至10+G。对于某些应用来说，并不是太合适。因此要把此文件缩小。
方法：数据文件单独存放。
步骤：
1，备份数据库
从命令行进入MySQL Server 5.0/bin
备份全部数据库，执行命令mysqldump -q -uusername -pyourpassword --add-drop-table --all-databases > /all.sql
做完此步后，停止数据库服务。
2，修改mysql配置文件
修改my.ini文件，增加下面配置
innodb_file_per_table
对每张表使用单独的innoDB文件, 修改/etc/my.cnf文件
3，删除原数据文件
删除原来的ibdata1文件及日志文件ib_logfile*，删除data目录下的应用数据库文件夹(mysql文件夹不要删)
4，还原数据库
启动数据库服务
从命令行进入MySQL Server 5.0/bin
还原全部数据库，执行命令mysql -uusername -pyourpassword < /all.sql
经过以上几步后，可以看到新的ibdata1文件就只有几十M了，数据及索引都变成了针对单个表的小ibd文件了，它们在相应数据库的文件夹下面。