3D Slicer FAQ-2

1.MRML

1.1 Introduction

MRML用来描述Slicer中的场景并映射到他的数据模型。MRML库提供了一个API用于管理医学图像数据类型（体数据、模型、变换、基准点、相机等）和可视化；

每种数据类型都以一个特殊的MRML node(节点)来呈现；MRML Scene就是所有MRML nodes的集合；Slicer MRML数据模型不依赖于系统的可视化组建和算法组件；

1.2 MRML Scene

MRML Scene管理MRML nodes（增加、删除、寻找、按类寻找）；

MRML Scene 提供了MRML nodes的可持续性（从XML文件中读取、写入到XML文件）；

MRML Scene提供了 Undo/Redo 机制；

1.3 MRML Nodes

MRML nodes存储Slicer应用的状态，包括原始数据和可视化参数；下面是关键MRML nodes的集合，他们存储着核心Slicer模块的状态：

所有的MRML nodes必须应用某种标准的API：ReadAttributes/WriteAttributes/Copy等；

MRML nodes采用C++类等级进行管理，都继承于vtkMRMLNode 类。例如，vtkMRMLTransformableNode是体数据Volume、模型Model、基准点Fiducial和变换Transformation nodes的父类。vtkVolumeNode是vtkMRMLScalarVolumeNode和vtkMRMLVectorVolumeNode的父类。MRML nodes的类等级如下图所示：

1.4 引用MRML 节点

一些MRML nodes 也会引用其他 nodes。例如，Transformable Node 引用了Transformation Node。Transformation Node引用了父级的Transformation Node。引用通过 Node ID存储。

使用VTKSetReferenceStringMacro设置引用ID（场景中注册过程）；

访问方法在访问之前应该通过ID检查引用节点是否仍然在MRML场景中；

1.5 MRML事件与观察者

MRML场景和每个节点的改变将会通过vtk事件和命令-观察者机制传递给其他的观测节点，GUI对象和Logic对象。一些经验规则如下：

Use vtk AddObserver() and InvokeEvent() methods. vtk SetMacro generates ModifiedEvent.

The command-observer mechanism for MRML is implemented using helper vtkObserverManager, class, MRML Observer macros, and ProcessMRMLEvents method.

Observers should store a registered pointer to a MRML node to prevent callbacks on a deleted object.

1.6 如何添加一个MRML node到场景中？
一般模式
1 vtkNew<vtkMRML???Node> nodeToAdd;
2 ...
3 mrmlScene->AddNode(nodeToAdd.GetPointer());
向场景中添加一个多边形数据
1 vtkNew<vtkMRMLModelNode> modelNode;
2 modelNode->SetPolyData(polyData);
3 mrmlScene->AddNode(modelNode.GetPointer());
从文件中载入多边形数据
1 vtkSlicerModelsLogic* modelsLogic = ...;
2 //modelsLogic->SetMRMLScene(mrmlScene);
3 modelsLogic->AddModel(polyDataFileName);
1.7当载入MRML场景时遇到如下错误怎么办？
 1 ERROR: In /path/to/VTK/Imaging/vtkImageMapToColors.cxx, line 153
 2 vtkImageMapToColors (0x268f190): RequestInformation: No LookupTable was set but number of components in input doesn't match OutputFormat, therefore input can't be passed through!
 3  
 4 ERROR: In /path/to/VTK/Imaging/vtkImageExtractComponents.cxx, line 239
 5 vtkImageExtractComponents (0x26947e0): Execute: Component 1 is not in input.
 6  
 7 ERROR: In /path/to/VTK/Imaging/vtkImageExtractComponents.cxx, line 239
 8 vtkImageExtractComponents (0x26947e0): Execute: Component 1 is not in input.
 9  
10 [...]
要确定每一个colorNodeRef属性设置在每一个VolumeDisplay节点上。
1.8 如何在2D视窗中更改体数据？
1 appLogic = slicer.app.applicationLogic()
2 selectionNode = appLogic.GetSelectionNode()
3 selectionNode.SetReferenceActiveVolumeID(bg)
4 selectionNode.SetReferenceSecondaryVolumeID(fg)
5 appLogic.PropagateVolumeSelection()

2.IO

为什么我的节点Writer没有出现在保存的对话框中？

需要在qSlicerIOManager中注册我们的Writer 用qSlicerYourModule::Setup();

资料： SlicerIOManager= http://apidocs.slicer.org/master/classqSlicerIOManager.html
示例： https://github.com/Slicer/Slicer/blob/3dd75da/Modules/Loadable/Markups/qSlicerMarkupsModule.cxx

你的节点需要成为vtkMRMLStorableNode的子类；

3.Modules

3.1 在Slicer的build-tree中，Slicer的模块位于哪里？

Slicer模块和库位于Slicer主构建目录：

~/Slicer-Superbuild/Slicer-build

3.2 如何从C++可加载模块调用一个CLI模块？

问题描述：http://slicer-devel-archive.65872.n3.nabble.com/Calling-CLI-module-from-a-C-loadable-module-tt4031930.html

实例分析：https://github.com/Slicer/Slicer/blob/master/Modules/Loadable/CropVolume/Logic/vtkSlicerCropVolumeLogic.cxx#L318-351

3.3 如何从命令行调用一个CLI模块？

示例：

Slicer.exe --launch CastScalarVolume input.mha output.mha

在Windows中使用要注意：

需要使用Slicer应用程序的全名，即Slicer.exe而不是Slicer；

为了获得CLI模块支持的命令行参数的帮助，可以运行下面语句：

Slicer.exe --launch CastScalarVolume 2>c:SomeWriteAbleDirectoryusage.txt