第二部的起名源于80年代流行过的一句话：城市就是森林，每一个男人都是猎手，每一个女人都是陷阱。
要理解黑暗森林要明确刘慈欣(作者)提出的“宇宙社会学”两个公理：
一、宇宙中一切文明的第一需求是生存；
二、宇宙中的各种文明不断发展，但是宇宙中提供给文明发展的各种资源总量不变。
黑暗森林是说：宇宙中的文明对其他不了解的文明抱有戒心或恐惧心理，不敢主动暴露自己在宇宙中的位置信息，担心危及自身文明的发展和生存。但是又不放任其他文明的发展害怕终有一天威胁到自己。仿佛一群猎人拿着猎枪进入到一片黑暗的森林中相互狩猎。看到远处有火光不管是什么先开一枪再说。任何文明都会成为猎人也都可能成为其他文明的猎物。而且在技术达到一定水准之后摧毁的成本要远低于交流学习。
本部刚上的序幕来揭秘了上部中所截取的一些那个组织和三体文明对话的重要信息，主要是揭示了他们一个弱点，无法对思维进行加工，比如人类可以在自己不高兴的时候表现的很高兴，但三体文明是通过思维进行交互的，思维会把自身的状态发散出去，而无法进行加工，所以他们没有欺骗，没有伪装，后来经过人类叛徒的讲解后勉强理解并努力学习这些东西，为以后人类和他们的争斗埋下伏笔。
然后是上部面壁者，三体人从人类中选择了一些破壁者，即其在地球计划的执行者。破壁者做的第一件事情就是阻止了人类逃向外太空的计划，因为三体人认为人类很危险，若有一部分逃出去，会在将来给他们带来很大的威胁。然后讲了一位面壁者罗辑的故事，从他的一些经历说起直到他被当选为面壁者。
针对地球危机，人类提出了面壁计划：由于对于三体人来说，地球是一个透明的世界，人类所做的一切和所有资料都会在三体人面前显现出来，所以人类内部的 任何形式的交流都会导致泄密。但是三体人的缺点是他们用透明的思维进行交流，这就使得他们在计谋、伪装和欺骗方面十分低能，所以利用这一点，人类仅有的秘 密就是自己的内心世界，智子（三体人向地球发射的武器）可以读懂存储在介质中的信息，但读不出人类的思维，所以只要不和外界交流，每个人对智子都是永恒的 秘密，这是面壁计划的基础。面壁计划的核心就是选定一笔战略计划的制定和领导者，他们完全依靠自己的思维制定战略计划，不予外界进行任何形式的交流，而且 他们所表现出来的应该完全是假象。
针对此项计划，三体人针对选出的四位面壁人，也选了四位破壁人，来破解面壁人的计划。三维面壁者都有了自己详细的计划，比如球形闪电，无声交流等，然后最后观测到了三体舰队的痕迹，地球进入危急时刻。