Linux上R的安装
可参考https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#Installing-R-under-Unix_002dalike
1） 下载R-3.2.1.tar.gz
https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.1.tar.gz
2) root 身份登录linux, 并拷贝R-3.2.1.tar.gz到 /data
3） 执行下列命令
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sudo su root
cp R-3.2.1.tar.gz /data
cd /data
yum install gcc-gfortran
yum install gcc-c++
yum install readline-devel
tar -zxvf R-3.2.1.tar.gz
cd R-3.2.1
./configure --enable-R-shlib --with-x=no
make
make check
make install
make install-libR
---
R and Rscript 被安装在 /usr/local/bin/
4） 指定运作R的快捷方式
vi ~/.bashrc
加入下列行到文件中
PATH=$PATH:$HOME/bin/:/usr/local/bin/
然后重新登录或者
source ~/.bash_profile
5）R library的安装，以igraph为例
首先运行
R
在R环境下执行
install.packages("igraph")
选择22 或其他镜像
安装完后执行quit()退出
如果连接不上镜像，拷贝其他机器的/usr/local/lib64/R/library/* 到本机此目录
或者下载 package-name .tar.gz, 然后运行
R CMD INSTALL <package-name>.tar.gz
6） R 脚本的运行
R CMD BATCH XXX.R
或者
Rscript XXX.R
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NOTE:
安装中可能出现的错误
1）运行 ./configure --enable-R-shlib --with-x=no
configure: error: No F77 compiler found
==》 没有fortran编译器
解决方法，运行下面命令
yum install gcc-gfortran
2） 运行 ./configure --enable-R-shlib --with-x=no
configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
==> 没有readline lib
解决方法
yum install readline-devel
3）安装R package时，以igraph为例会出现下列的错误,比如
ERROR: dependency ‘NMF’ is not available for package ‘igraph’
==》 igraph会依赖很多其他的package，比如这里NMF没有安装
解决方法
1） 多次重复在R环境下运行install.package("igraph")
2) 先运行install.package("NMF") 安装NMF等缺失的package