如何利用R包qqman画曼哈顿图？
众多周知，R语言提供了各种各样的包，方便实现我们的目的，下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包：qqman
install.packages(“qqman”) # 安装包
library(“qqman”) #加载包
data(package=“qqman”) # 查看qqman包中的测试数据，此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据
View(gwasResults) #查看 gwasResult的数据格式
head(snpsOfInterest)#查看 snpsOfInterest的数据格式
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1.数据格式。
文件命名为gwasResults
表头依次是SNP(snp名称，字符型，命名时以“rs”开头),CHR（染色体编号，整型）,BP（碱基位置，整型）,P（数值型）
2.snpsOfInterest
文件中是需要高亮的snp位点
3. 参数说明
x: 输入数据
col: 定义x轴染色体的颜色
chrlabs：自定义染色体标号
suggestiveline: 添加一条横线，默认值是－log10(1e－5)
genomewideline: 添加一条横线，默认值是－log10(5e－10)
highlight: 需要标亮的snp位点
4.画图
Library(“qqman”)
manhattan(gwasResults)####出现下图
manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest,col=c("#A4D3EE","#DDA0DD"))
#####出现下图
当需要单独画某一条染色体时：
manhattan(subset(gwasResults,CHR==2),col="#DDA0DD")###出现下图