Linux下开发程序可以完全发挥自己的聪明才智，因为系统内核是完全开放的。
Windows下开发程序就稍微郁闷一点，不论何种语言都必须在调用系统API的基础上开发，因为系统内核是不开放的。
这两种系统正是基于以上的特点，所以也各有优缺点。
先说缺点：
Linux正因为内核高度开放，所以程序员可以非常灵活的发挥自己的风格，从而造就软件形式纷繁多样，给Linux应用程序的统一管理造成不便。
Windows则因为系统高度封装，所以让程序员开发程序时，难免有毛孔堵塞的感觉，所以有些软件虽然开发速度快，但很不容易实现一些细致入微的贴心设计。
再说优点：
正因为Linux的高度开放，所以让程序员如鱼得水，产生了大量优秀的开源软件。
而Windows则因提供了统一的API，缩短了开发软件的时间，同时也实现了软件风格的统一。
windows下编程与linux下编程
windows下编程核心就是要使用Windows的机制进行编程。而且有MS出的API可以使用。ASCII C的语法，不全有效。
Linux下编程，其实和Unix下编程差别不大。基本都是ASCII C编程。另外，操作系统的程序运行机理也不一样。这个是关键。
语言都是一样的！ 除了一些windows专用语言，比如C#，或者linux专用语言，比如shell。
关键是操作系统有本质的区别，我们写程序需要调用操作系统的一些接口函数（API）来操作我们的计算机，
所以从这方面看，编程是有区别的。 比如c语言，两个系统都有各自的头文件（也有许多头文件是相同的）。
摘自百度知道