基因表达分析包括3个层次[68], 首先是单基因水平, 即比较对照组与实验组的每个基因是否存在表达差异, 这主要指差异基因表达分析; 其次是多基因水平, 如按照基因的共同功能、相互作用、共同表达等进行的聚类分析; 最后是系统水平, 即以基因网络形式解释和理解生命现象. 在生物体系中, 基因从来不是单独起作用的, 它们相互作用呈网络状, 因此从网络的观点分析基因表达谱数据必然会导致对生物系统的更高层次的理解, 目前研究者们已经开始了这方面的研究. 正如前述的各种聚类方法, 假如几个基因被聚类在同一组, 它们有可能是共同表达的基因或者是有同样的信号通径, 深入分析这些基因的增强子可能发现它们共同的调节元件, 从而揭示生物系统更高层次的网络[69]. 另外应用目前已知全序列的模式生物(如酵母、结核分枝杆菌), 人们已研制出加载有他们全基因的芯片, 通过比较不同条件下(突变、基因撬出或设计时间系列)表达谱的变化, 再使用贝叶斯网络法等进行系统分析, 可揭示基因功能和调控网络[70]. 此外还可从代谢等角度研究, 比如从新陈代谢分析基因表达的网络关系等.