谷歌学术又打不开了。哎。于是找了一下最近的方法。
http://www.app111.com/doc/10159661.html
cuda的论文还差流程图和实验
参考资料：中山大学生物信息Ppt：http://wenku.baidu.com/link?url=_88k4ecSxs6gQviwaWzoT4K-rjkqpzqHVgHBkDpPHzu375eaI2bQJMEm8wjUMlHVANcvOIGdatC8txsc7iGdjbuPxktMtujVEmbSfBCui0G
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参数Dg用于定义整个grid的维度和尺寸，即一个grid有多少个block。为dim3类型。Dim3 Dg(Dg.x, Dg.y, 1)表示grid中每行有Dg.x个block，每列有Dg.y个block，第三维恒为1(目前一个核函数只有一个grid)。整个grid中共有Dg.x*Dg.y个block，其中Dg.x和Dg.y最大值为65535。
参数Db用于定义一个block的维度和尺寸，即一个block有多少个thread。为dim3类型。Dim3 Db(Db.x, Db.y, Db.z)表示整个block中每行有Db.x个thread，每列有Db.y个thread，高度为Db.z。Db.x和Db.y最大值为512，Db.z最大值为62。 一个block中共有Db.x*Db.y*Db.z个thread。计算能力为1.0,1.1的硬件该乘积的最大值为768，计算能力为1.2,1.3的硬件支持的最大值为1024。
参数Ns是一个可选参数，用于设置每个block除了静态分配的shared Memory以外，最多能动态分配的shared memory大小，单位为byte。不需要动态分配时该值为0或省略不写。
参数S是一个cudaStream_t类型的可选参数，初始值为零，表示该核函数处在哪个流之中。