Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST 2.2.29+):
1. 下载软件BLAST:
在以下网址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
下载: ncbi-blast-2.2.29+-x64-linux.tar.gz （根据自己的操作系统选择）。
2. 解压:
解压后放在任意目录下都可以，把相应路径加入PATH变量就是。
比如解压到用户的主目录(/home/yonpen)下，把解压后的文件夹重新命名为blast，则BLAST+的所有程序在目录/home/yonpen/blast/bin下。
3. 添加环境变量:
打开终端（Terminal），切换为root用户，执行vim /etc/profile （需要了解Vim编辑器的基本命令）。
在最末尾添加：
export PATH=/home/yonpen/blast/bin:$PATH
保存退出。（环境变量的值由Blast所在路径决定。）
此处若成功，注销以后执行blastn -version会出现版本信息（一定要先注销或重启电脑）。
4. 新建:
在目录/home/yonpen/blast下新建一个文件夹，命名为db 。
在/home/yonpen下新建一个文件，命名为.ncbirc 。（文件名是以点号开头的）
在文件中添加内容：
[BLAST]
BLASTDB=/home/yonpen/blast/db
5. 下载FASTA格式的数据库:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/
如下载nr.gz。
6. 建立BLAST+可用的数据库:
打开终端（Terminal），切换到/home/yonpen/blast/db目录下，执行（以蛋白质库nr为例）：
makeblastdb –in nr -parse_seqids -hash_index -dbtype prot
(需要自己输入，复制这行命令可能不行，不知道为什么)
7. 使用程序:
如使用psiblast
在目录/home/yonpen/blast下新建3个文件夹，分别命名为pssm,input,output
设待查询序列所在文件的名字为a.fasta（一个文件放一条序列，且必须为fasta格式）
执行命令：
psiblast -comp_based_stats 1 -evalue 0.001 -num_iterations 3 -db nr -query input/a.fasta -out output/a.txt -out_ascii_pssm pssm/a.pssm