MySQL在进行alter table等DDL操作时，有时会出现Waiting for table metadata lock的等待场景。而且，一旦alter table TableA的操作停滞在Waiting for table metadata lock的状态，后续对TableA的任何操作（包括读）都无法进行，因为他们也会在Opening tables的阶段进入到Waiting for table metadata lock的锁等待队列。如果是产品环境的核心表出现了这样的锁等待队列，就会造成灾难性的后果。
造成alter table产生Waiting for table metadata lock的原因其实很简单，一般是以下几个简单的场景：
场景一：长事物运行，阻塞DDL，继而阻塞所有同表的后续操作
通过show processlist可以看到TableA上有正在进行的操作（包括读），此时alter table语句无法获取到metadata 独占锁，会进行等待。
这是最基本的一种情形，这个和mysql 5.6中的online ddl并不冲突。一般alter table的操作过程中（见下图），在after create步骤会获取metadata 独占锁，当进行到altering table的过程时（通常是最花时间的步骤），对该表的读写都可以正常进行，这就是online ddl的表现，并不会像之前在整个alter table过程中阻塞写入。（当然，也并不是所有类型的alter操作都能online的，具体可以参见官方手册：http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/innodb-create-index-overview.html）
处理方法： kill 掉 DDL所在的session.
场景二：未提交事物，阻塞DDL，继而阻塞所有同表的后续操作
通过show processlist看不到TableA上有任何操作，但实际上存在有未提交的事务，可以在 information_schema.innodb_trx中查看到。在事务没有完成之前，TableA上的锁不会释放，alter table同样获取不到metadata的独占锁。
处理方法：通过 select * from information_schema.innodb_trxG, 找到未提交事物的sid, 然后 kill 掉，让其回滚。
场景三：
通过show processlist看不到TableA上有任何操作，在information_schema.innodb_trx中也没有任何进行中的事务。这很可能是因为在一个显式的事务中，对TableA进行了一个失败的操作（比如查询了一个不存在的字段），这时事务没有开始，但是失败语句获取到的锁依然有效，没有释放。从performance_schema.events_statements_current表中可以查到失败的语句。
官方手册上对此的说明如下：
If the server acquires metadata locks for a statement that is syntactically valid but fails during execution, it does not release the locks early. Lock release is still deferred to the end of the transaction because the failed statement is written to the binary log and the locks protect log consistency.
也就是说除了语法错误，其他错误语句获取到的锁在这个事务提交或回滚之前，仍然不会释放掉。because the failed statement is written to the binary log and the locks protect log consistency 但是解释这一行为的原因很难理解，因为错误的语句根本不会被记录到二进制日志。
处理方法：通过performance_schema.events_statements_current找到其sid, kill 掉该session. 也可以 kill 掉DDL所在的session.
总之，alter table的语句是很危险的(其实他的危险其实是未提交事物或者长事务导致的)，在操作之前最好确认对要操作的表没有任何进行中的操作、没有未提交事务、也没有显式事务中的报错语句。如果有alter table的维护任务，在无人监管的时候运行，最好通过lock_wait_timeout设置好超时时间，避免长时间的metedata锁等待。
waiting for table metadata lock 问题深入分析
那么会有同学问，为什么在Mysql 5.5.3之前就很少遇到这种锁呢？原因是
5.5.3版本之前,MySQL事务对于表结构元数据(Metadata)的锁定是语句(statement)粒度的：即语句执行完成后，不管事务是否可以完成，其表结构就可以被其他会话更新掉！
引入Metadata lock后，表结构元数据(Metadata)的锁定变成了事务(transaction)粒度的,即只有事务结束时才会释放Metadata lock。
怎么出现的？
程序或者脚本显式开启事务（start transaction），该事务内的query语句(包含select)会占用相关表的metadata lock(profile:Opening tables阶段)。导致后续的所有DDL操作语句全部被阻塞，原因就是获取不到metadata lock。（在mysql 5.6版本后有优化）官方手册参阅：http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/innodb-create-index-overview.html
我们下面以现网case来探讨这个问题的出现于解决：
case
业务执行一条简单的alter table 操作，增加一个字段，很普通的一条sql，而且表不大，数据量很少，执行却消耗几百秒没反应（现场忘记截图）
补充一个测试图
从图可以看出业务执行的语句遇到metadata lock了。
1、 分析mysql的实例的情况
1.1 mysql> show processlist;
除了有一个 Waiting for table 之外没有其它的操作进程，全部是sleep进程。这时你觉得奇怪吗？为什么没有其它的进程锁住这个表，会导致这个ddl语句一直卡住呢？ 我们接着分析。
1.2 查看表是否太大 mysql> show table status like 'tbl_xx' G
图1.2
看出表非常小，不存在由于数据量大导致更新慢的问题；
1.3 查看引擎状态 mysql> show engine innodb status G
数据量太大，一屏幕都显示不完，不看了。
既然几个比较直接的方法都查不到原因，那只能更深入的查下了，我打算从数据字典中查下（information_schema，performance_schema）：
1.4，查找当前等待事务：
mysql> select * from performance_schema .events_waits_current;
Empty set (0.03 sec)
显示空。
查找information_schema中的事件表（EVENTS）、锁等待表（INNODB_LOCK_WAITS），innodb当前出现的锁（INNODB_LOCKS）均没看到异常（这里就不贴图了）。
1.5 查找事务
既然造成该锁的原因是事务没有提交导致的，那我们应该去查找当前是否有事务在运行（runing注：由于事务一直是runing状态，这也就是为什么我之前查找各种锁都找不到的原因）
mysql> select * from information_schema.innodb_trx;
（此图又被刷不见了）不过有重大发现：一个trx_mysql_thread_id: 275255348 是从trx_started: 2015-12-03 14:58:45 一直处于runing状态的。
既然我们找到了id了 那我们再回顾使用show processlist查找该ID就行了：
发现了吗，该ID一直是sleep状态。很难发现该进程打开了这个表（可以通过show open tables 查看当前打开的表）。
解决办法：询问了开发这个点的脚本，操作。确认后通过后台mysql 直接kill掉这个进程，业务的alter操作瞬间完成。
附：欢迎大家一起探讨研究