zero-base coordinate 和one-base coordinate

zero-base和one-base是生信会经常碰到的两套坐标系统。

zero-base是半开放式的,是不包括该点的,zero-base的文件有:bed;bam 

one-base是封闭式的,是包括该点的,one-base的文件有:vcf,gff,sam

有人认为zero-base的好处就是在计算长度的时候不用+1,这样能提高编程的简洁性和计算速度,而one-base是便于人眼的观看。

举例:

1.bed文件,半开放式的。

chr1  200  220

包含的碱基是从200-219。200<=x<220

2.bismark的结果(zero-base start,one-base end)

chr2 11331 11332 100 1 0

只包括11332这个碱基。

参考资料:

https://www.biostars.org/p/6373/

原文地址:https://www.cnblogs.com/timeisbiggestboss/p/8867516.html