环境：阿里云ECS服务器上，Ubuntu linux 12.04，64位版。MySQL 5.1.
首先查看/etc/rc.local，可以看到Ubuntu通过/etc/init.d/mysqld脚本启动mysql服务：
/etc/mysqld start
这个脚本是安装时从/alidata/server/mysql/目录（mysql安装目录）拷贝过来的，没问题。
但是在执行这个脚本时，会调用/alidata/server/mysql/bin/my_print_defaults，
将输出内容交给脚本函数parse_serverarguments()解析，
得到$basedir, $bindir, $datadir这几个启动目录。
问题就出在执行my_print_defaults上。
通过执行/alidata/server/mysql/bin/my_print_defaults --help，可以看到它从以下几个目录读mysql配置：
- /etc/my.cnf
- /etc/mysql/my.cnf
- /alidata/server/mysql/etc/my.cnf
- ~/.my.cnf
后面两个路径不存在，所以只会读取前两个文件的内容。
/etc/my.cnf是安装时从/alidata目录拷过来的，没有问题。
/etc/mysql/my.cnf却是ubuntu缺省存在的，一读，就把前面的覆盖了。
所以删除/etc/mysql目录，执行/etc/init.d/mysqld restart，就OK了。
[后记]
晚上时候，同事报MySQL又启动不了。错误日志：
/alidata/server/mysql/libexec/mysqld: File '/var/log/mysql/mysql-bin.index' not found (Errcode: 13)
网上搜到文章说”Errorcode:13“是目录权限问题而这个文件是存在的！mysql用户也有读写权限。
尝试给/var/log/mysql目录权限从0755改成0775，给mysql用户组也加了写权限，现在的权限是：
drwxrwxr-x 2 mysql mysql 4096 Oct 16 23:00 mysql/
继续启动MySQL，失败，但错误日志已经从刚才的变成了这个（说明mysql组也需要写权限，难道启动mysql需要其他mysql组用户？）：
/alidata/server/mysql/libexec/mysqld: File './mysql-bin.000032' not found (Errcode: 2)
继续搜，在这里找到了方法，编辑/var/log/mysql/mysql-bin.index，删除其中的一行内容：
mysql-bin.000032
再次启动MySQL，成功。