测试操作系统为RedHat Enterprise Linux AS3 Update 3，一定要用这个版本，试了其他版本，都有问题！x86_64的版本普遍有一个编译gromacs时链接libX11.so(-lX11)不兼容的问题，目前还不知道如何解决！
编译器就用了一个Intel Fortran Compiler 9 Build 021版本，因为只有Intel 9系列的编译器才能发挥dual core的威力。没用Intel的C Compiler，不知道用了之后会不会更好。
FFT还是用的FFTW2.1.3，因为不知道如何修改gromacs的源码，使之能跑在Intel的MKL上！
GROMACS还是用的3.2.1，和以前在Xeon和Itanium2上的一样！
单机测下来的结果比预期的要好！
算gromacs的dppc benchmark，结果是：
HT ON：耗时1336秒，3.147GFlops
HT OFF：耗时1370秒，3.066GFlops
结论是，在HT OFF的情况下，本机的性能是单颗Xeon 2.4G的5.162倍！是双Itanium2 1.5G的3.277倍！Itanium2的性能差是有原因的，因为gromacs的网站上说了，Itanium2上没有汇编级的inner loop，他们用了Fortran的inner loop！
此外，如果CPU的SSE被gromacs利用到了，性能会好很多，仔细看gromacs dppc benchmark的log文件，如果里面有酱紫的话：
Testing x86 SSE capabilities...
CPU and OS support SSE.
Using Gromacs SSE single precision assembly innerloops.
那就OK了！
GROMACS的官方网站有benchmark表，但里面的值不是上面讲的GFlops或是耗费的时间，而是ps/node day，就是一天能计算的ps步数，这个值是这样计算的：
在benchmark的输出文件中，在Performance一行，有一列就是ps/node hour（和GFlops这些数据在一行上），把这个值乘以24，就可以得到这个ps/node day了，这样就可以和GROMACS官方网站的数据进行比较了
在benchmark的输出文件中，在Performance一行，有一列就是ps/node hour（和GFlops这些数据在一行上），把这个值乘以24，就可以得到这个ps/node day了，这样就可以和GROMACS官方网站的数据进行比较了