管理脚本时，最大的挑战是如何追踪一个文件的多个版本。应用程序开发的自然顺序是首先设计功能的原型，然后不断重复的设计、测试和调试，直到功能稳定为止。在进行任何改变之前，保存一份能工作的SQL脚本与程序源代码的副本是很重要的，因为对查询和编程对象增加功能几乎都会对系统的功能产生副作用，至少在短期内是这样。而避免不良影响产生的秘诀是，在添加查询和对象新功能后，就立刻将它们保存成脚本文件。
在很多场合，我都要对项目进行一些细微的更改或者改进，例如在表中添加一列，或者在查询中增加一个计算。如果改变的内容没有编写成脚本并做严格的测试，就可能带来意想不到的影响。可能客户会惊慌失措地打来电话，告诉我系统出错了。而这时已到了月底，他们不能打印报表了。这些都是我不希望发生的事情。
通常，这种细小的改变似乎一时不会有问题。如果对象在更改前保存为脚本，就很容易调用原来的脚本，或者做一些修改，或者运行原来的脚本，回到这个查询原来的工作状态。脚本版本管理并不复杂，不过如果没有适当的管理体系，没有细心的工作，就很容易跟丢了目标。
版本控制有一些简单的方法。版本控制软件，比如Microsoft Visual SourceSafe在中心数据库中存储文件，自动进行这项工作。在登入登出文件时，会给文件的一个副本做上时间标记，并保存在SourceSafe数据库中。文件的任何版本就可以在任何时间检索出来。如果在不同的、联网的开发计算机上工作的一群人需要共享脚本文件，则源控制是最好的选择。SQL Server Management Studio 集成了Visual SourceSafe或Visual Studio Team System，以及许多第三方的源控制应用程序。和Visual Studio相似，文件可以被录入、导出，在Management Studio设计环境中进行管理。
一个相对简单的方法是，在文件名上附上创建日期和创建人名字的首字母，把这些文件保存在和项目有关的文件夹中，并定期备份。下列是存储过程spGetCustomerAccount- Detail的脚本文件：
Create spGetCustomerAccountDetail -7-02-07 PT.sql
Create spGetCustomerAccountDetail -7-09-07 PT.sql
Create spGetCustomerAccountDetail -7-11-07 PT.sql
Create spGetCustomerAccountDetail -7-15-07 PT.sql
Create spGetCustomerAccountDetail -8-03-07 DW.sql