对于大型的软件包的安装来说：
当下载成功一个软件的压缩包后： tar -xvf xxxx.tgz ./configure --prefix=/opt/xxxx make sudo make install 一般来说，这类软件的默认安装目录都是 /usr/local ，最终文件会被分别放在 /usr/local 的 bin、lib、share、man 目录下。 我个人非常不喜欢这种方式，因为作为一个通过源码编译的软件来说，意味着编译者 要完全负起管理该软件的义务，这样的放置方式会来更新或卸载软件带来很多麻烦。 所以我总是会在 configure 的时候加上 prefix 手动指定安装路径。要卸载该软件就直接删除 /opt 下对应的目录，要更新的话，也可以先删除，再重新编译一遍。这样做稍微麻烦的一点是， 需要手动将该软件的 bin 目录加入到 PATH 中，还有可能需要修改 LD_LIBRARY_PATH。 但是一般来说，需要编译源码的软件很少，所以不会造成太大的麻烦。
对于小型的软件，有的甚至仅需要其编译成功的二进制文件的软件安装来说：
前一节 “编译源码” 主要针对的是一些大型软件包，这一节 “编译代码” 指的是对一些 专业性很强的小代码包的处理方式。比如有些软件包编译之后实际需要的只是一个 二进制文件，这个时候就没有必要安装到 /opt 了，合适的方式是在自己的 HOME 下 建立 bin 目录，并将其路径加入到 .bashrc 中，然后将编译生成的二进制文件复制 到该目录下即可:
mkdir ${HOME}/bin
echo 'export PATH=${HOME}/bin:$PATH'>> ~/.bashrc
比如seisman的 ${HOME}/bin 目录下有如下文件：
distaz ：给出地球上两点经纬度，计算震中距和方位角
pssac ：在 GMT 中绘制 SAC 文件
rdseed ：SEED 格式转 SAC 格式
win2sac_32 、 catwin32 ：Hi-net 网站提供的用于处理 Hi-net 数据的程序
st ：sublime_text 被安装到 /opt 目录下，在此建立一个软链接，方便在命令行调用 sublime text
wlt.pl ：校内用于登陆网络通的脚本，在命令行修改网络端口，好 happy
fk 、 fk.pl 、 syn 、 trav ：Prof. Lupei Zhu 的用于计算合成地震图的程序，源代码有不少，实际需要用的也就这三个可执行文件和一个 perl 脚本。
matlab ：指向 matlab 的一个软连接；
不要随便什么二进制文件都往 bin 里放，这里只应放一些常用的命令或很通用的。
要说明的是有一些软件最好自己安装而不是通过源安装：
自成系统的软件 有一类软件，其拥有众多模块或包，为了管理这众多的模块，就需要拥有一个自己的模块 / 包管理器。这其中以 TeX、Perl 和 Python 为代表。对于这一类软件，其众多的模块是最大的优势，也是最值得利用的资源，因而我通常会选择手动安装它们，原因如下： 系统的源中不可能包含该软件的所有模块； 系统的源中该软件的模块的更新要远远滞后于最新版本； 当然，即便是使用系统自带的版本，也依然可以用该软件自带的包管理器来安装模块。但将导致： 部分模块用系统的 yum 管理，部分模块用软件自带的包管理器管理； yum 安装的模块一般版本较老，软件的包管理器要安装的大多是最新版本； 这一方面会导致模块管理的混乱，另一方面用软件自带的包管理其安装模块时，可能会依赖于其他模块的最新版本，若该模块是通过系统 yum 安装的较旧的版本，则可能导致模块的安装失败。 因而，对于这类软件，一般单独安装，并用各自的包管理器管理模块： TeXLive：通过 TeXLive iso 镜像文件安装，使用其自带的 tlmgr 管理包 Perl：通过 plenv 安装最新版本的 Perl，使用 plenv 自带的 cpanm 安装模块 Python：通过 pyenv 安装最新版本的 Python，使用 Python 自带的 pip 安装模块
虽然如此，一般软件安装 遵行的规则仍是：
为系统添加 EPEL 源、Nux Dextop、ELRepo 源和个别其他小型第三方源 能够从源中安装的就从源中安装 不能从源中安装的尽量找 rpm 包安装 找不到 rpm 包的就试试 linuxbrew 能不手动编译的就不要手动编译