全剧情，剧透。
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故事的开篇，克劳德受雇佣于抵抗组织“雪崩”，协助炸毁神罗公司1号魔晄炉。第一次任务很顺利，但桀骜不驯的克劳德与抵抗组织首领巴雷特(Barett Wallace)发生了一些报酬方面的争执，在“雪崩”的大本营，第7街区贫民窟酒吧内，克劳德遇见了自己的青梅竹马蒂法·洛克哈特(Tifa ·Lockhart)，在蒂法的劝说下，克劳德回忆起小时候自己曾经加入特种兵时的踌躇满志，最后同意了继续协助“雪崩”组织炸毁神罗公司的5号魔晄炉。
克劳德·斯特莱夫(Cloud Strife)，正传年龄21岁，出生于尼布尔海姆，前神罗公司特种兵。最终幻想系列迄今为止最酷最有型的主角。沿着克劳德为主线，剧情慢慢揭示了整个世界的结构和游戏的世界观。从小梦想成为一个强大战士的他，追随心中偶像萨菲罗斯的脚步加入到神罗，之后离开神罗成为一个为钱卖命的雇佣兵，他没有什么所谓的正义，把枪口对准神罗也没什么大不了，只要开价够高，他可以为任何人战斗。
巴雷特：“喂，老兄，你难道不知道吗？魔晄是不可再生的，是支撑星球存在的命脉，如果再任由神罗公司这么抽取魔晄下去，这个星球会完蛋的！”
克劳德：“与我何干？我只拿钱做事，对别的不感兴趣。”
这是个不折不扣的赛博朋克，克劳德这股玩世不恭的态度衬托着绝望的现状。神罗公司豪华办公区对应着7号贫民窟的贫困破败，而在列车上闪烁的人员自动ID检测系统体现着神罗对于底层贫民的恐怖控制力。朱门酒肉臭与路有冻死骨，一个反乌托邦的黑暗世界。
在5号魔晄炉内，克劳德和雪崩中了神罗公司的埋伏，克劳德从高塔上摔下，幸运的落入到一个第五区贫民窟已成为废墟教堂的花床上。遇到了之前有过一面之缘的卖花姑娘艾瑞丝。短暂的考虑之后，克劳德同意了保护她回到位于7号贫民窟东侧的家。艾瑞丝是神罗公司一直试图抓捕的古代种，无论从救命恩人的道义，还是路见不平的拔刀相助，更是美人有难作为英雄要挺身而出的职责，克劳德必须义无反顾。
遇到艾瑞丝之后，克劳德的人生走到了一个拐点。就算嘴上再怎么装的无所谓，在克劳德和玩家心中，美丽大方的卖花姑娘都是这个黑暗世界里唯一的一点亮光。在看尽了留香阁的富人对蒂法和艾瑞丝垂涎的丑恶嘴脸，神罗公司炸掉整个7号街区消灭雪崩的残忍。昔日同伴临死前留恋的眼光刺激了克劳德，他终于下定决心走上对抗之路，与蒂法和巴雷特一起潜入重兵把守的神罗大厦营救艾瑞丝。
可是任务失败了，在神罗公司杰诺瓦细胞生物培育室里，克劳德一行人被看守的士兵抓住押送到神罗高层处。得意洋洋的神罗总裁告诉他们，之所以寻找古代种赛特拉，目的是为了到达充满了魔晄的约束之地，艾瑞丝就是解开这一切的钥匙。一行人被投进了监狱，可是没等到后面的事情发生，神罗大厦却突出变故。克劳德打开监狱大门，发现看守士兵被残忍杀死。不仅如此，杰诺瓦实验室所有实验员，包括神罗公司所有安保人员全都被杀光了，杰诺瓦实验体不翼而飞，整个大厦成了涂满鲜血的屠宰场，一条仿佛带着死亡宣告般的血脚印沿着楼梯一直向上延伸。众人推开了顶层总裁办公室，几个小时前不可一世的神罗总裁趴在桌上被一柄巨剑刺穿，肥胖的身体像一只被钉在案板的猪一样钉穿在自己的办公桌。众人震惊的看着这宛如地狱的一幕：
“萨菲罗斯来了。”克劳德喃喃的说道。
本作BOSS终于登场，玩家们也对萨菲罗斯的实力有了一个直观的认识。从始至终主角们与老萨没见面没交谈，但遍地的尸体和触目惊心的血迹，重兵把守层层布防的神罗大厦被一人一刀全部杀穿，神秘的萨菲罗斯和他取走的杰诺瓦就如同阴影一样笼罩在众人心头，虽然脱得自由之身，但所有人都明白担子更重了。
从另一个容器里救出了一只奇怪的生物“赤红十三”之后，众人赶紧带着艾瑞丝撤出神罗大厦。神罗总裁已死，但他的儿子鲁弗斯接管了公司，鲁弗斯狂妄的表示他不会像父亲一样用钱来收买别人，而是要降下恐惧让人们屈服。克劳德拒绝为鲁弗斯效力，并甩掉了神罗的追兵。
离开米德加到达旁边的小镇卡拉姆之后，克劳德终于有机会和大家讲述萨菲罗斯的故事。
当年克劳德还是神罗公司的特种兵，有一次神罗派他跟随萨菲罗斯一起调查位于克劳德家乡的尼布尔海姆，听说尼布尔海姆的魔光炉出现了故障。这次任务是四人队，除开克劳德和老萨之外只有两名随行士兵。在路上，克劳德终于有机会对这位传说中的战士表达了他长久以来的仰慕之情，萨菲罗斯身着黑衣，一头银发随意的散至腰间，他话不多，面对克劳德小心翼翼的询问只是淡淡的点头。
“放松点伙计，我也不知道是什么故障，我们到那里看看再说。”萨菲罗斯告诉克劳德不必紧张。
在前往魔光炉的过程中会遇到一些魔光泄露制造出来的强力生物，克劳德明显不敌，只能退到身后交给萨菲罗斯来摆平。
“这是你第一次回到家乡吧？告诉我下是什么感觉。”
“我没有家乡所以我不知道。”
“我母亲叫杰诺瓦，她生下我不久之后就死了。我父亲是....”
“算了，我怎么在说这些......我们走吧。”
尼布尔海姆村口，克劳德没想到老萨会对他说出这番话。似乎有点不详的意味，老萨从进入尼布尔海姆就开始不对劲。他已经预感到有什么事要发生了吗？
“今天长途跋涉大家都很累，抓紧休息。明天天亮我们就出发，如果你们有谁在这里有认识的朋友可以尽管去探望。不过不要睡太晚，明天早上我不会叫任何人起床的。”萨菲罗斯说完这番话就自顾自的去休息了。
第二天天一早，四个人在当地向导蒂法的带领下前往魔光炉。出发前有位村民给克劳德，蒂法和萨菲罗斯拍了一张照片。在路上，魔光炉反应激烈引发了地震，因为道路坍塌，队伍损失了一名士兵。随后萨菲罗斯带着其他人赶到目标地点。他让两个人在魔光炉入口外等候，自己带着克劳德进入建筑核心。在核心内部，萨菲罗斯看到了容器里的标注着杰诺瓦细胞培育的试验品，那些丑陋的怪物刺激着老萨的视觉神经，他猛然想起了杰诺瓦这个名字。然后抽出刀发疯一般的砍着这些容器。
“难道....我和他们....都是一样的吗？”
萨菲罗斯推开了试图劝阻自己的克劳德，然后消失了踪影。最后克劳德在神罗官邸的一间地下室内找到了他，他自顾自的研究着当年的宝条博士留下来的资料，那几天地下室内灯火通明，萨菲罗斯醒了就阅读资料，累了倒头就睡，根本不理睬其他人，偶尔的时候，他会抬起头，仿佛自言自语般对克劳德说一些莫名其妙的话。
第七天，惨剧发生了，尼布尔海姆笼罩在一片火海，萨菲罗斯肆意杀戮着村里的人并放火烧掉了整个村庄，之后，萨菲罗斯进入魔光炉内，打算取走杰诺瓦试验品。蒂法前来阻止，被萨菲罗斯刺伤，最后，忍无可忍的克劳德举刀对准了他曾经的偶像......
接下来的事克劳德无论如何也想不起来了，回忆到此为止。接下来，主角们追寻萨菲罗斯的旅程从这里正式开始了。
追随的步伐并不轻松，路上偶尔会看到被贯穿的巨大怪物尸体，以及遭遇杰诺瓦细胞怪物的攻击。玩家们会不断地发现萨菲罗斯愈发强大，并且他的似乎是想占领所有的魔光能源以便接管整个星球。不仅如此，神罗公司无孔不入的特工也像豺狗一样追在主角们身后，他们并不打算与克劳德战斗......他们真正的计划，是把克劳德与萨菲罗斯一起干掉吗？
众人追踪萨菲罗斯登上朱农港口的船只，在船上，他们没能打败萨菲罗斯，也没能阻止他逃脱。来到新大陆继续启程的众人穿过巴雷特的故乡科瑞尔，在一个金碧辉煌的赌场里结识了一只奇怪的占卜猫凯特西（Cait Sith），凯特西为克劳德算命之后，决定跟随队伍亲眼见证自己的预言。根据游乐场主人的情报，萨菲罗斯出现在北边的城市贡加加。
在贡加加，克劳德与神罗公司调查小组Turk碰了面并与两名队员鲁徳及雷诺交手。在魔光炉废墟内，众人发现了神罗公司武器研究组的高层，他们似乎在谈论一个威力巨大的魔石。紧接着，众人的车在半路搁浅，不得已进入一个叫科斯莫峡谷的地方，而这里正好是赤红十三的老家。
赤红十三（Red XIII），在家乡被人称作Nanaki，守卫峡谷的圣兽一族，族内长老对于这个星球非常了解，在实验室内，长老向克劳德详细解释了魔光代表的生命流以及神罗公司源源不断抽取能源会造成的严重后果。长老希望赤红十三今后能够继续呆在克劳德的队伍磨练自己，快快成长到他父亲的程度。众人收拾行囊继续出发，前往克劳德的故乡——尼布尔海姆。
尼布尔海姆并没有像克劳德想象的那样被大火烧毁，而是保持着原样，而与村民交谈，村民都坚称没这回事。蒂法的钢琴也完好无损，这与克劳德记忆不符，而蒂法欲言又止的模样让克劳德更加满头雾水。众人进入了当年的神罗官邸，在一个棺材里发现了一个神秘的红衣男人文森特(Vincent Valentine)，文森特的目标也是萨菲罗斯，众人同意他加入队伍。而在当年的图书馆，萨菲罗斯正在那里。他说了一番神秘的话又离开了。再次启程的众人，在神罗公司的火箭基地遇到了机械师席德(Cid Highwind)。因为火箭项目与神罗公司的现计划不符，席德与神罗调查组大打出手，最终席德的飞船引擎被打坏，只得放弃基地，跟随克劳德们浪迹天涯。
所幸飞船虽然不能飞，但还可以当潜艇。众人驾驶潜艇来到五台岛，因为追逐被小忍者尤菲如月（Yuffie Kisaragi）偷走的魔石结识了当地忍者家族。在这里众人又与神罗调查组不期而遇，不过他们也遇到了一些麻烦，调查组唯一的女队员艾蕾娜和尤菲一起被色魔抓到山上去了。双方只得联手干掉色魔救回了两位女士。
和神罗调查组暂时达成停战协议后，克劳德也取回了被盗走的魔石。不过忍者家族建议尤菲不要拘泥于小岛，而是跟随克劳德去广阔的世界修行。
众人在金碟游乐园取得了古代种神庙的线索，休息时间艾瑞丝邀请克劳德一起乘坐游览车。不过在缆车上艾瑞丝好像看出来了什么，表示克劳德似乎“不是真正的自己”。离开游乐园的众人随后经过一番艰难的追逐到达了黑魔石所在地点古代种神庙。
神罗调查组组长曾重伤倒在神庙前，他遭遇了萨菲罗斯并且不敌。众人突入神庙内部，凯特西牺牲掉自己一个玩具布偶取出了黑魔石。然而克劳德拿到黑魔石之后萨菲罗斯突然出现，克劳德猛地发现自己身体似乎不能控制一样，众人只能眼睁睁的看着萨菲罗斯拿着黑魔石扬长而去。
克劳德再也无法支撑，倒在了地上。与此同时，艾瑞丝消失了。
“我必须阻止萨菲罗斯，我要去寻找古代种的文明之都，阻止黑魔石发动....”
“克劳德，请照顾好自己。”
“再见。”
“那女孩也是星球选中的人吗？”
“她很危险，对吗克劳德？那么，我得去找她了。赛特拉会留下什么东西，我也很期待啊。”
克劳德醒来之后，难以置信的他几乎丧失了战斗的信念。在蒂法和巴雷特的劝说下，克劳德终于勉强从消极的心情中恢复过来。然而艾瑞丝仍然身处险境，他必须鼓起最后的勇气，顺着自己梦境中的记忆前往忘却之都。
众人穿过沉睡森林，来到庞大的古代种都市，一个水晶般的世界坐落在忘却都市的正下方，艾瑞丝就跪在正中央闭目祈祷着。克劳德靠近艾瑞丝时，她终于睁开眼睛想说点什么。但克劳德再次发现自己身体不受控制，他竟然举刀向艾瑞丝砍去.......
“克劳德！”远处的蒂法大声呼喊让他瞬间恢复一点神智，克劳德无力的喘息着，他甚至无力举起武器，只能眼睁睁的看着一个黑影从天而降。
萨菲罗斯的刀洞穿了艾瑞丝的身体，她缓缓的倒了下去。克劳德颤抖着扶起艾瑞丝的上身，她已经失去了生命气息。
艾瑞丝·盖恩斯巴勒（Aerith Gainsborough），星球最后一个古代种，也是游戏中最美的一道风景。她的出现是黑暗世界里唯一的一点亮光，尽管背负凄惨的命运，但生性乐观坚强，幽默风趣，是每个人都喜爱的小精灵。外表柔弱却内心坚韧的她，早已被视作克劳德生命中的一部分。艾瑞丝的死是FF7给悲情主题添上的最大一笔，也给所有屏幕前的玩家重重一击。
“不用担心，很快的这个女孩就会和星球融为一体了。黑魔石发动，杰诺瓦复活，神的意志再次现于这片土地，现在约束之地已经启动，我需要你.....”
“住口！”
......
“艾瑞丝走了，她再也不能微笑，再也不能说话，再也不能飞翔，甚至.....再也不能生我的气了。”
“是你夺走了她的一切......我的心在燃烧，我的眼泪已经流干，我的血液不再流淌，我的生命不再有意义！”
萨菲罗斯奇怪的盯了克劳德一眼，
“你是想说，你很难过？哈哈，你怎么会难过，你怎么可能难过！”
“因为你......”
“只是个......”
......
......
......
“傀儡而已。”
怀着巨大的悲痛，克劳德将艾瑞丝沉入了忘却之湖，看着她慢慢的被水面吞没。激起满腔仇恨的克劳德，会连同艾瑞丝的那一份一起，他对同伴们表达了他的决心，一定要报仇！
约束之地位于大冰原的山顶，是一个巨大的陨石坑。同时到来的还有包括鲁弗斯在内的众多神罗公司高层。一边登山一边不断的追击中，克劳德终于找到了萨菲罗斯。可是这次，克劳德再次陷入了萨菲罗斯想让他看到的幻觉——尼布尔海姆。
克劳德对这段记忆非常模糊，他不知道哪个是真实哪个是假象。蒂法也非常在意，更令克劳德万分不解。这个时候，萨菲罗斯拿出了一张照片——这是当年尼布尔海姆时3个人拍摄的！可是，蒂法，萨菲罗斯，旁边那个黑发男人是谁？显然不是克劳德，这与他的记忆不符，那么，这是谁？
“克劳德，你和萨非罗斯一样，是宝条的复制品……”
萨菲罗斯的力量苏醒了，约束之地毁灭，变成了一个笼罩着结界的巨大的空洞。蒂法和巴雷特被神罗抓走，克劳德坠入海中下落不明。天空中徒然出现有一颗巨大的红色陨石，萨菲罗斯发动了黑魔石，暗红色的杰诺瓦行星向地面猛扑过来。与此同时，海中出现了大怪物WEAPON，趁着混乱凯特西掩护蒂法与巴雷特逃出神罗监狱，追兵眼看就要接近时席德驾驶着修好的飞空艇拍马赶到。众人远走高飞，一路往东，那里是克劳德失踪的地方。
飞空艇降落在东南的一个小岛米迪尔。众人找到了重伤昏迷的克劳德，突然出现的怪物卷起洪水淹没了整个村子。蒂法和克劳德被卷入了漩涡中，但是这一次，蒂法与克劳德一起打开了他的记忆世界。
年少时的克劳德因为痛恨自己的弱小，决心成为一个像萨菲罗斯那样强大的战士而加入了神罗。但他却并没有成为一个特种兵，他只是一名普通的士兵。
“那时我听说你要回来了，和萨菲罗斯一起回来。我就坐在村口等着，等了很久。可是，等来的人除了萨菲罗斯之外，另一个黑发男人我并不认识。”
“扎克.....扎克斯....”
“你想起来了！”
克劳德当时只是个跟随萨菲罗斯与扎克斯执行任务的普通士兵，快到尼布尔海姆的时候他戴上了头盔，他不想让蒂法看到自己现在的样子。进入魔光炉之后，萨菲罗斯不允许蒂法进入核心的时候，也是克劳德把她挡在外面。当萨菲罗斯暴走杀人时，冲进杰诺瓦实验室阻止萨菲罗斯的也是扎克斯！
扎克斯不敌，克劳德冲进一片狼藉的实验室。“去，快杀了萨菲罗斯....”扎克斯奄奄一息对克劳德恳求道。于是克劳德拿起扎克斯的大刀，一刀从背后刺向萨菲罗斯......
克劳德终于找回了记忆，当两人冲上岸的时候，小伙伴们正焦急的等候着。队伍整装待发，神罗公司试图用火箭摧毁陨石但失败了。为了抓住最后的机会，众人得去忘却之城寻找线索。
忘却之城，众人发现艾瑞丝曾经试图发动过阻止黑魔石的白魔法“神圣”。可是，究竟什么是“神圣”呢？从长老那里得到了答案：艾瑞丝的那颗白色魔石就是“神圣”！但是，那颗魔石已经随艾瑞丝长眠于湖底了。正在不知所措时，大家接到凯特西的电话，神罗已经将巨型炮台转移到了米德加，为了使用米德加的魔光能量来击碎笼罩在北方大空洞上空的能量罩。与此同时，WEAPON从海底突然出现直奔米德加而去——星球本身在阻止自己的毁灭！
最终，神罗启动了激光武器击穿了怪兽，而怪兽的光束也将神罗大厦化为灰烬。众人突入废墟内部扫清神罗公司的残余势力，与固守于此的神罗调查组再次遭遇。尽管双方并非敌对，尽管组长仍未归队，但鲁徳、雷诺、艾蕾娜三个队员依旧恪尽职守，试图阻止众人打倒给他们发工资的公司。于是大家只能拳头解决。逐层清理了神罗公司剩下的的零星武装力量后，众人突入顶层实验室，看到宝条博士正在集结最后的能量充入到大空洞内部——也就是萨菲罗斯处。这个疯狂的科学家抬起头看着众人，然后平静的说：
“我的儿子在呼唤我。”
文森特·瓦伦丁是原神罗调查组成员，队伍中战力排行前3的男人。即便是在无数因为神罗的恶行而陷入悲剧命运的人之中，文森特的经历都算最悲惨的其中之一。当年自己的恋人与鲁克蕾西亚发生争执被宝条趁虚而入，后来她与宝条有了一个孩子，那个孩子就是萨菲罗斯。但宝条根本不管他们母子的死活，鲁克蕾西亚与萨菲罗斯都成为了疯狂的杰诺瓦实验的一员。文森特去找宝条理论，也被宝条一枪打倒。文森特身体被改造，一副半人半鬼的身体，同时他的内心也陷入了巨大的自责。30年之后，沉睡已久的文森特被克劳德一行人发现，便跟随克劳德一起走上了寻找萨菲罗斯的道路。
众人结束了宝条罪恶的生命，同时彻底摧毁了神罗大厦，神罗灰飞烟灭，剩下的敌人就只有萨菲罗斯了。
决战之前，克劳德去了他第一次和卖花姑娘相遇的教堂。然后在尼布尔海姆，克劳德也回忆起了后面发生的事。受了克劳德一击的萨菲罗斯没有死，他回身一刀刺向克劳德。克劳德也用最后的力气，将萨菲罗斯甩进杰诺瓦熔炉中。尼布尔海姆一战，萨菲罗斯身亡，扎克斯和克劳德身受重伤，被神罗公司回收。
克劳德和扎克斯被泡在魔光溶液里，扎克斯苏醒之后打倒了守卫，拖着半昏迷状态的克劳德踏上逃亡之路，但最后，他们仍被神罗士兵追上，扎克斯力战不敌，被流弹击中，然后神罗士兵们对着他一通扫射。
“我们是朋友，对吗？”
......
“他怎么办？”杀了扎克斯之后，一个神罗兵看着倒在地上的克劳德问旁边的军官。
“上面没命令，放他走吧。”
克劳德拾起扎克斯的刀，仰天长啸。不远处的山脚，便是米德加——离终点仅有一步之遥。
最终战场，一行人突入到大空洞内部，与此同时，众多杰诺瓦怪物开始向地面发动了进攻。在大空洞最深处，众人打败了杰诺瓦母体和萨菲罗斯。萨菲罗斯倒下的一刻，生命之河升起，渐渐的汇聚到米德加周围，这些绿色的象征新生的河流包围住陨石，发出了耀眼的白光。朦胧中众人看到艾瑞丝的脸庞。
红色陨石溶解，杰诺瓦消失，神罗公司覆灭，整个世界一扫阴霾重新恢复了生机。大地复苏，万物生长，米德加也迎来了久违的阳光。
“结束了吗？”克劳德问道。
“嗯，结束了。”蒂法回答。
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本传精彩的地方在于，你能够不断的接收到游戏传递给你的剧烈感情。神罗公司的暴戾与残忍，贫民窟里人们的贫困麻木，富豪们的油腻与贪婪，蒂法和艾瑞丝的温柔阳光，克劳德内心的恐惧犹豫——他太害怕与萨菲罗斯战斗，与传说中的战士，曾经仰望的对象战斗，正因为他的优柔寡断，才使得艾瑞丝送了命。到后面克劳德才终于明白，自己和扎克斯一样，体内的魔光都是杰诺瓦的一部分，所以艾瑞丝才把两人看做一个人。而常伴自己的害怕胆怯等种种情绪，只是受杰诺瓦母体影响罢了。真正的萨菲罗斯本人早就死在了当年尼布尔海姆的魔光炉底，他们一直追寻的，只不过是妄图死灰复燃的杰诺瓦细胞罢了。
而连续两个生命中重要的人死在自己面前，克劳德没有兑现对艾瑞丝的承诺，也没能完成大哥扎克斯临死前的嘱托，这份沉重的负罪感将会伴随他直到永远。