[TJOI2017]DNA --- 后缀数组

[TJOI2017]DNA

题目描述

加里敦大学的生物研究所,发现了决定人喜不喜欢吃藕的基因序列S,

有这个序列的碱基序列就会表现出喜欢吃藕的性状,但是研究人员发现对碱基序列S,任意修改其中不超过3个碱基,依然能够表现出吃藕的性状。

现在研究人员想知道这个基因在DNA链(S_{0})上的位置。

所以你需要统计在一个表现出吃藕性状的人的DNA序列(S_{0})上,有多少个子串可能是该基因,

即有多少个(S_{0})的子串修改小于等于三个字母能够变成S。

输入输出格式

输入格式:

第一行有一个数T,表示有几组数据

每组数据第一行一个长度不超过(10^{5})的碱基序列(S_{0})

每组数据第二行一个长度不超过(10^{5})的吃藕基因序列S

 

输出格式:

共T行,第i行表示第i组数据中,在(S_{0})中有多少个与S等长的连续子串可能是表现吃藕性状的碱基序列

 

输入输出样例

输入样例#1: 
 
1
ATCGCCCTA
CTTCA
 
输出样例#1: 
 
2
 

说明

对于20%的数据,(S_{0}),S的长度不超过(10^{4})

对于20%的数据,(S_{0}),S的长度不超过(10^{5}),0<T<=10

 

作为后缀数组的模板集成题来做的。

首先考虑一个比较容易想到的事情.

(S_{0})大串中存在长度和(S)相同的串只有(n)个

因此只要一个一个暴力判断就好了。

怎么判断快一点??

比如串'ACGAC'和串'ACAAC'

前面的'AC'相同,因此可以直接调用。

到了'G'和'A'不同,来一个(tim)计数器表示失配了几次,此时,(tim++)

接下了后面的'AC'相同,因此这个子串和模式串只有一处不同。

可以发现,每当(tim<=3)匹配完成一次时,(ans++)

那么,怎么得到'AC'相同这个过程??

用后缀数组的LCP或者哈希二分LCP或后缀树跑LCP即可

 

后缀数组复杂度(O(n log n + n * 6)) = (O(n log n))

代码在此

原文地址:https://www.cnblogs.com/reverymoon/p/8955438.html