首先，既然是多数据源，那么我们就先看下数据源怎么配置的：
javaconfig类似下面这样：
MapperScan注解常用配置如下：
basePackages：Base packages to scan for MyBatis interfaces，也就是mapper接口所在包名
annotationClass：This property specifies the annotation that the scanner will search for，
也就是只扫描指定包下的指定注解作为mapper，通常为org.apache.ibatis.annotations.Mapper
markerInterface：This property specifies the parent that the scanner will search for，只扫描指定包下指定父接口的子接口作为mapper
sqlSessionTemplateRef：指定这组mapper关联的sqlSessionTemplate
sqlSessionFactoryRef：指定这组mapper关联的sqlSessionFactory
那么，问题来了，annotationClass，markerInterface都配置了或者都不配置会怎样？在org.mybatis.spring.annotation.MapperScannerRegistrar.registerBeanDefinitions中调用的org.mybatis.spring.mapper.ClassPathMapperScanner.registerFilters()代码如下：
一幕了然，如果都配置了，最终的mapper会是两者匹配的合集；如果都不配置，那么，最终的mapper会是basePackages下所有任意接口。
使用地方在org.springframework.context.annotation.ClassPathScanningCandidateComponentProvider.isCandidateComponent：
还有一个问题，sqlSessionTemplateRef和sqlSessionFactoryRef同时都配置了会怎样？或者不配置呢？
通常，如果只有一个sqlSessionFactory时是不需要配置的，只有容器中有多个时才需要指定一个。
如果都配置了呢？请看下面分析：
org.mybatis.spring.mapper.ClassPathMapperScanner.processBeanDefinitions(Set<BeanDefinitionHolder>)中处理每一个之前扫描mapper生成的BeanDefinition时，会给每一个BeanDefinition设置sqlSessionFactory，如下：
看到log没，很清楚：Cannot use both: sqlSessionTemplate and sqlSessionFactory together. sqlSessionFactory is ignored.
看完mapper的处理，再来看关联的sqlSessionFactory：
根据指定数据源类型利用org.springframework.boot.jdbc.DataSourceBuilder创建dataSource，目前主流的是使用阿里开源的Druid数据库连接池作为数据源：
sqlSessionFactory创建：
通过SqlSessionFactoryBean关联dataSource和MapperXML，再通过@MapperScan关联sqlSessionFactory和mapper接口
至此，单个数据源创建算是完成了。如题，多数据源怎么办？
方法一，手动配置多个dataSource，并在@MapperScan关联不同的sqlSessionFactory和mapper接口。
方法二，动态数据源，继承org.springframework.jdbc.datasource.lookup.AbstractRoutingDataSource，重写determineTargetDataSource方法，从targetDataSources中获取对应数据源操作数据库，通常在前面业务代码根据具体怎样的情况选择怎样的dataSource，然后通过设置ThreadLocal变量，这里获取变量信息来返回对应数据源。切入业务逻辑可以通过aop切面从dao层方法名入手，也可以通过mybatis的拦截器获取sql信息和入参决定选择哪个数据源。
PS:如果是读写分离，通常情况下主库读写权限，从库只读权限，事务DataSourceTransactionManager配置在主库的dataSource上，@Transactional会自动从配置事务的dataSource中获取连接。