1. 从NCBI的SRA下载数据
(1) 选中要下载的数据，点击send to，format选RunInfo
(2) 打开生成的文件SraRunInfo.csv
linux下可以使用wget download_path来下载
2. 然而。。也可以用别的办法：
考虑使用R的扩展包SRAdb
(1) 安装
如果从源码安装的话，需要这几个包：RSQLite（DBI）graph（装不了）RCurl（bitops）和GEOquery（一堆依赖）
所以我放弃了。选择用Bioconductor来装
然而官网上给的命令我会报错（微笑），所以应该用sudo R进入R环境，然后输入
## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite() ## R version 3.0 or later
然而我还是会报错，系统提示我用install.packages(.......)来安装一个老一点的版本。安装完之后，退出，重进，再输入上面的命令，
貌似就可以了。
(2)导入SRAdb包
biocLite('SRAdb')
发现老是导入失败。。。
SRAdb需要这些
GEOquery需要这些
装XML时会报错
解决：
下载libxml2-git-snapshot.tar.gz
tar -zxvf libxml2-git-snapshot.tar.gz
cd libxml2-2.9.4
./configure # 被网上的说法坑到
make
make install
××××××××××××××××然而我还是安装失败了××××××××××××××××
换用另一种方式
sudo apt-get -f install
sudo apt-get install libxml2-dev
然后再装XML包，成功
其他装完了之后，用这两条命令：（注意sudo R进入）
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GEOquery")
graph需要BiocGenerics
这两个应当执行上面相同的步骤
最后再装SRAdb包
使用：
library(SRAdb)
srafile = getSRAdbFile() # downloads the most recent SRAdb database file and then connects to it from R
sra_con = dbConnect(SQLite(), srafile)
# unzipping会卡很久，不要着急
下一步又出现很奇怪的问题==
PS:其他使用
1. 查询
rs = getSRA(search_terms="breast cancer", out_types=c("study"),sra_con=sra_con)
SQLite的查询语句格式为fts3
http://www.sqlite.org/fts3.html
可以用head函数来查看结果
举个栗子：
rs <- getSRA(search_terms = ""breast cancer"", out_types = c("run","study"), sra_con = sra_con)
# 限制查询条件，这个是查词组breast cancer
# 然后我们用head函数来展示结果
2. SQLite数据库设计模式
colDescriptions函数里有，也可以单独查看附件。
# 使用SQL语句来处理数据库。这里是对数据的整合。
rs <- dbGetQuery(sra_con, paste("SELECT library_strategy AS 'Library Strategy',",
"count(*) AS Runs FROM 'experiment'", "GROUP BY library_strategy order by Runs DESC", sep=""))
# 结果
×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××
http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460
http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-14-19