1.先根据你的蛋白序列，输入到http://mcl1.ncifcrf.gov/dnaworks/，选择相应的物种，就可以自动给出该物种的优化序列。
参考下面的这篇文章：
DNAWorks: an automated method for designing oligonucleotides for PCR-based gene synthesis.
http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/30/10/e43
2.一个密码子优化的网站 http://www.jcat.de/
其实早就开始使用这样的一个网站，虽然名气不大，但功能很强大，而且近几年做的很多的 蛋白表达都用这个网站进行了优化，而且明显发现了优化的效果，今天又用了一下，想起来推荐给大家，希望能给一些苦于表达量少或是没有产物的同志以帮助。
3. http://www.kazusa.or.jp/codon/
这是日本一个专门的密码子数据库，在里面先输入你要表达的动物的名称，就可以得到关于这个哺乳动物表达系统的密码子偏爱性表，然后把氨基酸序列翻译成相应的偏爱密码子就可以了！
4.密码子优化的一篇文献
http://bbs.bbioo.com/thread-45049-1-1.html
利用Codon W可以对基因的RSCU，CAI，Fop和Nc等指标进行分析。
用于目的基因密码子优化的软件或网站包括：
1. DNAWorks(Hoover and Lubkowski 2002)，也可以利用DNAWorks 2.4在网上进行密码子优化设计（http://molbio.info.nih.gov/dnaworks/）。
2. Codon Optimizer(Fuglsang 2003)。
3.UpGene(Gao, Rzewski et al. 2004)。
4.Synthetic Gene Designer，软件的优点在于可以灵活指定密码子使用形式“模板”，或分别设定每个密码子的使用频率，也可以从文件或CUTG数据库读取。
DNAworks我用过，挺好的，不过其强项不在于密码子的优化如何好，而是同时兼得了基因全合成所需引物的设计，即经过密码子优化后的整个基因序列的拆分。我认为Jcat是基于Java的较好的密码子优化软件，可从网站下载单机版。当然还有CodonOPTIMIZER等等很多，也都可以借用。这些从Google上搜索codon optimize即可找到很多。
我想着重提醒楼主的是，由于单个软件都会有其长处和短处，最好的办法是使用多个优化软件分别进行优化，然后使用软件计算优化后基因的适应度值（CAI，codon adaptation idex）。切莫只依靠单一的软件优化结果。