中国银联金融IC卡支付系统公钥认证体系也包括各个发卡行CA。它们是根CA的子CA，负责生成发卡行CA的公私钥对，向根CA申请并管理自己的公钥证书。此外，发卡行CA与发卡系统交互，为IC卡签署静态应用数据以便进行静态数据认证（SDA），或生成IC卡公私钥对、签发IC卡证书以便进行动态数据认证（DDA），同时将自己的公钥证书、IC卡公钥证书、IC卡私钥、RID、和根CA公钥标识也写入IC卡。
IC卡存放IC卡证书及IC卡私钥（或静态数据）和发卡行公钥证书、RID、以及根CA公钥标识；受理终端存放根CA证书和相关的RID。在支付过程中，受理终端通过验证IC卡的应用数据的签名进行IC卡数据认证，其过程是首先读取IC卡内的RID、IC卡证书、发卡行证书、和根CA公钥标识，利用RID和根CA公钥标识定位特定的根CA公钥，利用根CA公钥验证发卡行证书，利用发卡行证书验证IC卡证书，利用IC卡证书验证IC卡内的动态签名或直接利用发卡行证书验证IC卡内的静态签名。整个IC卡数据认证完全离线进行。
