1.调试本地服务器（通常是Apache HTTP Server）上的PHP应用程序，及使用浏览器和XDebug调试PHP程序（与当前设置的PHP解释器无关）
2.调试PHP脚本（需要设置工具->选项->PHP->PHP解释器）
3.调试远程服务器上（通过 FTP）
（1）需要说明的是第一种方式使用XDebug调试，所以不管你机子上安装了多少个版本的PHP ，都会使用httpd.conf中通过PHPIniDir指定的PHP版本，这要要求我们下载与php版本对应的Xdebug.dll,并在php.ini中配置好。相比于ZendStudio8.0.1还要手动选择XDebug和手动设置PHP解释器（Window->Preferences->PHP->PHP Executables）无疑要舒服太多。
而且ZendStudio8.0.1还有一个Bug：使用Xdebug调试的时候，如果对某个变量使用Watch添加到Expressions监视后再往下单步调试就会造成Apache崩溃（httpd.exe 内存不能为read），更让人郁闷的是一旦报这个错以后，以后不管调试什么项目只要打断点进行调试都会再次报这个错误，重装了ZendStudio和Apache都没用（真让人崩溃），最后无意中发现如果报了这个错，选择Window->Reset Perspective就可以了，但是下次监视变量还是会报这个错。（气死人啊）
（2） Netbeans使用脚本调试方式：右键单击某个项目->属性->运行配置->运行方式->脚本（在命令行中进行），然后设置一个起始页就行了，种方式依赖于当前Netbeans设置的PHP解释器。特别提醒：此种方式虽然是使用php.exe或者php-cig.exe或者php-win.exe调试，但是由于默认载入了我们选择的PHP解释器对应的php.ini，所以还是需要在php.ini中配置好XDebug，否则不但断点无效而且Netbeans还不断的尝试连接Xdebug（尽管我们没有使用XDebug调试）。
（3） 不管是Netbeans还是ZendStudio使用XDebug调试，其在php.ini中配置都是一样的。
（4） Zend Studio很臃肿还不好用，内置的Zend Debug和自动换行以及代码格式化都极其难用，抛弃它吧，I Like Netbeans。
netbeans_default_options="-J-Duser.language=en -J-Duser.country=US -J-client -J-Xss2m -J-Xms32m -J-XX:PermSize=32m -J-Dapple.laf.useScreenMenuBar=true -J-Dapple.awt.graphics.UseQuartz=true -J-Dsun.java2d.noddraw=true"