我们所用功能像和mask的size不同时，我们首先要对mask进行resample，令其和功能像的size相同才可以。
根据严超赣老师的回复，有三种方法：http://restfmri.net/forum/node/88，尝试过后决定使用第一种，即：http://restfmri.net/node/78，整理如下。
在第二个网址下载好代码之后，加入matlab路径，resample过程只需要用到如下四行代码（从两位师兄邮件通信中摘出来的，修改了一下注释）：
mask=rest_readfile('mask file path'); mask=mask>0; mask_DownSampled=rest_reSample3D(original mask, [desired dimension]); rest_writefile(mask_DownSampled, 'output path', [disered dimention], [voxel size], [origin coordinate], 'data type');
其中original mask输入带有完整路径的mask文件名（我用的hdr），当然当下目录就不需要了；
voxel size和origin coordinate以及data type都可以用micro打开功能像看到，data type一般是'double'；
另外origin coordinate要用结构体header.Origin给出，输入的时候在那里直接输入header即可。
后来补充：第三种也很好用，而且很快。第一种方法是自己写的代码，使用的应该是插值方法，但是在Resample某些模版（比如Craddock），的时候，使用第一种方法会造成添加不必要的边界，画出来的图会带很多边框。由于没找到在script的哪里改Resample方法，还是老老实实用工具SPM吧...虽然这里写的是SPM5，但是SPM12和5的这部分是一样一样的，完全可以照搬。
(3) use SPM5: a. Click "Coregister"
b. Click "New "Coreg: Reslice""
c. "Image Defining Space": choose one of your functional image. e.g. your normalized functional image or image after Detrend and Filter.
d. "Images to Reslice": choose the mask file or ROI definition file. e.g. BrainMask_05_61x73x61.img
e. "Reslice Options" -> "Interpolation": choose "Nearest neighbour"
f. Just click "Run". Then you will get the resmapled mask or ROI file with a surfix of "r".